Jeho specifikem je, že se každoročně zabývá pouze jedním typem nádorového onemocnění. Témata se opakují cca po sedmi letech. Letos je to tedy diagnostika a léčba nádorů jícnu, žaludku a tlustého střeva, o kterých budou přednášet kapacity v oboru ze všech onkologických pracovišť v České republice. Kongres je primárně určen pro lékaře, kteří zde získávají certifikaci České lékařské komory v rámci svého celoživotního vzdělávání. Odbornou úroveň každoročně garantují Česká onkologická společnost a Společnost radiační onkologie, biologie a fyziky České lékařské společnosti Jana Evangelisty Purkyně.
Do Českého Krumlova pravidelně jezdí přes čtyři sta odborníků a kolem třiceti vystavovatelů, především z řad farmaceutických firem. VIP partnery jsou letos AstraZeneca, GCO/CEEMEA, Merck Pharma k. s., Novartis, s. r. o., a ROCHE s. r. o.
Výstavní prostor poskytuje pořadatel, Nemocnice České Budějovice, a. s., také pacientským organizacím, které mají vztah k právě projednávané problematice. Letos proto přiblíží svou činnost České ILCO – dobrovolné sdružení stomiků. Odborný program kongresu probíhá v prostorách historické Zámecké jízdárny. Jihočeským onkologickým dnům pravidelně předcházejí tzv. satelitní sympózia v hotelu Růže, která jsou v režii farmaceutických firem. Závěr kongresu patří tradičně slavnostnímu koncertu, který se letos uskuteční v gotickém kostele Nanebevzetí Panny Marie ve Zlaté Koruně a zazní na něm duchovní hudba, psaná pro varhany a zpěv. Příští ročník Jihočeských onkologických dnů, který se bude zabývat karcinomy hlavy a krku, se uskuteční 18.–20. 10. 2012. Výstupem z Jihočeských onkologických dnů je vždy Sborník přednášek, který dostávají všichni účastníci při registraci. Jeho elektronická podoba je po skončení akce ke stažení na stránkách www.linkos.cz.