FN Na Bulovce má unikátní operační sál pro operace lidí HIV pozitivních, pacientů s vysoce nakažlivými infekcemi, jako je například SARS, a pro porody žen HIV pozitivních či s tuberkulózou. Infekční klinika prošla rozsáhlou rekonstrukcí, jsou zrekonstruované dva sály, vedle operačního také zákrokový, oba jsou vybaveny výkonnou vzduchotechnikou a klimatizací. Loni operovali na klinice sto pacientů se závažnou infekcí a rodilo zde deset HIV pozitivních žen. Původní sály byly koncipovány na nemoci, jako byl třeba břišní tyfus, což jsou onemocnění, která se přenášejí kontaktem.
V současné době vzbuzují obavy zejména nákazy, které se přenášejí vzduchem, od toho se odvíjí požadavek na vzduchotechniku. Rekonstrukce zlepšila podmínky na celé klinice. Vzduchotechnika je nově vybavena filtry, které zachytí jakýkoli zdroj infekce a ven propustí jen čistý vzduch. Všechny místnosti operačních traktů jsou přetlakově odděleny, zabrání se tak šíření infekce do okolí. Odpadní vody jsou odváděny infekční kanalizací do speciální čistírny. Infekční klinika FN Na Bulovce je největší v ČR, má 156 lůžek a 14 lůžek na jednotce intenzivní péče. Loni bylo na kliniku přijato 4610 pacientů, z toho na lůžka intenzivní péče 649. Ambulantně bylo ošetřeno 37 404 lidí.