Například děkan 3. LF Bohuslav Svoboda poukázal na to, že i když se oba typy subjektů spolu zčásti na něčem shodnou, chybějí pro tyto dohody či smlouvy důkladnější právní podmínky. Některé problémy v praxi, zejména pohotovostní služby či přesčasy, se někdy řeší v rozporu s platnými předpisy.
V zásadě se zástupci fakult a s nimi spolupracujících nemocnic shodli na naléhavé potřebě připravit transformaci této oblasti, nejlépe samostatným zákonem, jímž by byl vytvořen pojem univerzitní nemocnice a který by upřesnil všechny základní prvky jejich fungování a vztahů.
Na semináři ve sněmovně se nejčastěji zmiňovaly univerzitní nemocnice jako veřejnoprávní instituce, okrajově se zvažovala možnost vzniku soukromoprávních neziskových organizací.
Zdá se, že pro české prostředí nepřichází v úvahu univerzitní nemocnice jako obchodní společnost, alespoň zastupující ředitel pražské VFN Pavel Horák upozornil na nevýhodnost této formy. Obchodní společnost by nezískala daňové úlevy a vlastníci by zisk příliš nevraceli zpět do zdravotnictví.
Vladimíra Bošková, www.Zdravi.Euro.cz, 29.1. 2004