Kraj spravuje osm nemocnic, jejich práce se však zejména v Brně prolíná s dalšími. Tam působí dvě fakultní nemocnice, Masarykův onkologický ústav i dvě městské nemocnice - Milosrdných bratří a úrazová.
Hejtman Michal Hašek (ČSSD) připustil, že ve zdravotnické oblasti čeká kraj krize. Uvedl, že mezi příjmy krajských a fakultních nemocnic se rozevírají nůžky. Vrcholí to výzvou zdravotnických odborů Děkujeme, odcházíme. Výpovědi podle odborářů v kraji dalo 553 lékařů, z toho 194 jich pracuje v krajských nemocnicích.
Koncepce má podle hejtmana vést k tomu, aby se efektivně využívaly peníze ze zdravotního pojištění i peníze na investice. „Když se to povede, peníze by měly být použity na odměňování, ale nejen lékařů, v nemocnicích pracují další lidé,“ uvedl.