Logická potřeba kontaktu se světovou lékařskou vědou v podobě získávání nových poznatků ze západní literatury nebo dokonce zastoupená stáží tehdy československých lékařů v zahraničí vedla u nás již v 50. a 60. letech ke vzniku šesti vědecko-výzkumných ústavů (Ústav klinické a experimentální chirurgie, Ústav pro choroby oběhu krevního, Ústav pro výživu lidu, Výzkumný ústav experimentální terapie, Výzkumný ústav pro využití radioizotopů v lékařství, Výzkumný ústav pro elektroniku a modelování v lékařství).
Právě integrací těchto šesti vysoce odborných a do té doby samostatných výzkumných ústavů sídlících v areálu Thomayerovy nemocnice vzniklo v lednu 1971, především z iniciativy prof. P. Málka a prof. L. Hejhala, významné tuzemské pracoviště IKEM. Vysoké mezinárodní renomé a vědecká i odborná úroveň všech šesti ústavů vedly k tomu, že jejich sloučením mohl IKEM úspěšně konkurovat špičkovým evropským ústavům a laboratořím. Postupem let tak IKEM získával nejen u nás, ale i v zahraničí mnohá prvenství na poli medicíny a klinické praxe.
V mnoha případech k tomu přispěla tehdy unikátní experimentální součást institutu, která si postupem času rovněž získala odborné a vědecké uznání. V současné době proto tato instituce patří k předním odborným pracovištím u nás a nadále, i přes intenzivní, avšak naštěstí neúspěšné snahy o její zrušení na počátku 90. let plní svou funkci platformy pro vědeckou, výukovou a klinickou činnost českých i zahraničních odborníků. Oslavy 40. výročí se odehrají v průběhu roku 2011. Dne 1. 2. 2011 bude v IKEM uspořádána konference sester, věnována právě tomuto významnému výročí.