Kromě svého působení na Oddělení patologie a molekulární medicíny Fakultní Thomayerovy nemocnice přednáší medikům, učitelům, vede kurzy pro kouče a píše knihy, které mají vědecké objevy přiblížit laikům. Za popularizaci vědy získal Koukolík, který v těchto dnech oslaví 75. narozeniny, mnohá ocenění. Nejvíce si ale cení toho, že jeho jméno dostala planetka.
K popularizaci vědy ho přiměla náhoda, když na jeho přednášky na lékařské fakultě začali chodit lidé zvenku, kteří nerozuměli medicínské hantýrce. Rozhodl se tedy společně s psychiatričkou Janou Drtilovou napsat první knihu, která se věnovala vztahu mozku a chování dětí. Následovala známá kniha Mozek a jeho duše, která se za 20 let dočkala čtvrtého vydání, a další desítky publikací, článků či příspěvků pro rozhlas a televizi.
Věda v oblasti zkoumání mozku přinesla podle Koukolíka v posledních letech mnohá přelomová zjištění. „V současné době se tak vyšetřují stavy, kterými se dříve zabývali sociologové, filozofové, právníci a ekonomové. Dnes je na docela slušné úrovni známo, co se nám v hlavě děje, když se rozhodujeme morálně, ekonomicky, když se akutně romanticky zamilujeme, jakým způsobem si mozek dělá paměť, jaký je vztah rodičů a dětí, jak se rozhodujeme politicky, nábožensky, jaký je rozdíl mezi lidmi nábožensky věřícími a nevěřícími a podobně,“ řekl Koukolík. Poznatky je možné využít například při léčbě lidí se schizofrenií či depresemi.
Koukolík se věnuje především vlivu mozku na lidské chování. V Česku zpopularizoval pojem deprivant neboli neúplný psychopat. V populaci se podle něj vyskytuje asi procento psychopatů, mezi manažery či ve vysokých mocenských strukturách jich je 3,5 procenta. „Ověřil jsem si, že pořád je poměrně vysoký podíl lidí dobrých, slušných, spolupracujících a altruistických, ale zjistil jsem, že je poměrně vysoký podíl lidí, kteří jsou opační a jsou zařaditelní do spektra psychopatie. Překvapilo mě, jak vysoký podíl v populaci je neúplných psychopatů, jak jsou tito lidé vlivní a dokážou destruovat své okolí,“ poznamenal Koukolík, který ve volném čase relaxuje u čtení vědeckých časopisů z jiných oborů.
Lidé se Koukolíka často ptají, kde se bere zlo, jak mají zacházet s psychopaty či zda se má společnost obávat válečného konfliktu. Své znalosti na toto téma shrnul do své poslední knihy Češi: proč jsme, kdo jsme - a jak dál?, která vyšla v loňském roce.
Za svoji kariéru získal známý neuropatolog mnoho ocenění za popularizaci vědy, nejvíc si ale cení toho, že po něm byla pojmenována planetka. „Z toho mám největší radost, protože si říkám: Františku, ty tady nebudeš, třeba tady nebude svět, ale planetka bude,“ dodal Koukolík.