Problémy byly v končícím volebním období také s řízením a investicemi, zejména na Ústecku a Karlovarsku. Aktuálně se kraje musejí vypořádat se škrty v síti nemocničních lůžek, na nichž se dohodlo ministerstvo zdravotnictví se zdravotními pojišťovnami.
V uplynulých čtyřech letech musely kraje ustát tlaky odborů na růst platů v nemocnicích. Musely také řešit regulační poplatky. Opozice s nimi nesouhlasila, a tak je kraje vedené ČSSD lidem vracely, než jim to zakázal Ústavní soud.
S ministerstvem zdravotnictví kraje nespolupracují ve všech případech. Když loni hrozilo, že se nemocniční síť v některých krajích kvůli odchodu rebelujících lékařů zhroutí, donutily kraje své nemocnice, aby doktorům zvýšily platy o stejné částky jako ve státních nemocnicích. Když letos měly nemocnicím zvýšení platů znovu nařídit, neudělaly to - odboráři výpověďmi nehrozí a v krajích vidí spojence v tlaku na vládu.
Kraje letos odmítly i to, aby ministerstvo podrobně zkontrolovalo toky peněz v jejich nemocnicích, jako to udělalo ve svých zařízeních. Podle ministerstva musejí nemocnice najít peníze na platy právě v efektivnějším hospodaření. Ministerstvo vyzvalo odbory, ať si platy vymůžou na krajích, ty se ale rozhodly je požadovat od ministra Leoše Hegera (TOP 09).
Společnou řeč nenašly kraje s ministerstvem ani při rušení akutních lůžek v nemocnicích. Podle společného plánu ministerstva a pojišťoven by jich mělo ubýt 10.000, část se změní na lůžka dlouhodobá. Kraje loni podepsaly s ministerstvem memorandum o restrukturalizaci sítě, nadbytečná lůžka zrušily kraje Jihomoravský, Jihočeský a Vysočina, naproti tomu kraj Ústecký spolupráci odmítl.
Dosud bylo v ČR zrušeno zhruba 3000 lůžek, počty klesly z 63.263 v roce 2008 na loňských 60.336.
Většina krajů s rušením lůžek váhala, proto se Heger letos v memorandu s pojišťovnami dohodl, že převezmou iniciativu. Na konci roku vyprší nemocnicím smlouvy, pojišťovny nyní nabízejí nové, mnohdy ale už ne pro všechna oddělení. Deset ze 189 nemocnic prý smlouvu nedostane vůbec. Podle dat k 9. červenci mělo jistotu smlouvy 58 nemocnic, ostatní dál jednají.
Po krajských volbách čeká kraje další vlna odborářských protestů. Zaměří se na platy a udržení nemocniční sítě. Podle odborářských dat, která se neshodují s daty statistiků, byl v roce 2010 průměrný plat lékaře s přesčasy a službami 50.200 korun, loni 61.000 korun. Letos prý průměr nestoupl. O co některé nemocnice tarif zvedly, o to prý snížily odměny. Krajské nemocnice nepřidaly vůbec.
Lékařské odbory připravují na listopad společnou symbolickou akci s nemocničními lékaři zemí visegrádské čtyřky. Následovat by měla, zřejmě příští rok, větší a razantnější akce českých odborářů, ve které se spojí v tlaku na vládu lékaři, sestry a ostatní zdravotníci z nemocnic.