Svatopluka Němečka (ČSSD), který byl druhým nejdéle sloužícím ministrem zdravotnictví v polistopadové éře, na začátku prosince nahradil jeho stranický kolega a dosavadní ředitel motolské nemocnice Miloslav Ludvík. Letos se řešil také miliardový tendr na nové provozovatele letecké záchranné služby a opakované projednávání takzvaného protikuřáckého zákona. Němeček prosadil další zvýšení mezd v nemocnicích a navýšení plateb za státní pojištěnce.
Němeček byl odvolán v návaznosti na neúspěch ČSSD v krajských volbách, po kterých se vůči premiérovi a šéfovi ČSSD Bohuslavu Sobotkovi zvedla vnitrostranická kritika. Sobotka odvolání vysvětloval únavou ministra.
Do konce listopadu, kdy skončil, Němeček řešil mimo jiné komplikace s prosazováním zákona, který by měl zakázat kouření v restauracích. Zákon poslanci v květnu zamítli, když proti němu hlasovala i část koaličních poslanců za ANO. To vyvolalo koaliční roztržku. Ministr zákon během několik dní předložil znovu a Sněmovna jej v prosinci napodruhé schválila. O normě bude ještě jednat Senát a musí ji podepsat prezident.
Bývalému ministrovi se letos podařilo přes nesouhlas ministra financí Andreje Babiše (ANO) opět navýšit odvody za státní pojištěnce. Stát tak příští rok odvede za děti, důchodce nebo nezaměstnané o 3,6 miliardy korun více než letos. Na jeho nástupci ale už bude, zda se podaří odvody valorizovat pravidelně.
Vláda také schválila navýšení platů lékařů a sester v nemocnicích. Od ledna 2017 by tarifní složka jejich mzdy měla vzrůst o deset procent, což by se podle slibu premiéra Sobotky mělo opakovat v letech 2018 a 2019. Přidáno dostal personál v nemocnicích i loni a letos.
Parlament se letos rovněž zaobíral normami, které by měly změnit systém vzdělávání lékařů a sester. Vládní návrh, který si kladl za cíl stabilizovat a zkvalitnit vzdělávání lékařů, ale doznal ve Sněmovně mnohých změn. Původně se počítalo se snížením základních specializačních oborů u lékařů o více než čtvrtinu, ze 46 na 33. Sněmovna ale schválila za souhlasu Němečka celkový pozměňovací návrh se 43 obory. Spor se vedl i o vyřazení praktického lékařství pro děti a dorost ze základních specializačních oborů. Senát nakonec vrátil poslancům předlohu k opětovnému projednání. Normu, podle které by sestry nově nemusely mít vysokou školu, stačila by jim střední a rok vyšší odborné školy, čeká druhé čtení ve Sněmovně.
Po celý rok se ministerstvo zabývalo tendrem na provozovatele letecké záchranné služby s hodnotou 1,2 miliardy korun bez DPH. Týkalo se šesti základen, u pěti z nich smlouva byla uzavřena. Na službě by se nově od ledna měly podílet firmy z Rakouska a Slovenska. Provoz na základně v Ústí nad Labem ale dosud není dořešen. Ministerstvo sice opakovaně vyhlásilo vítěznou firmu, její úspěch ale u antimonopolního úřadu napadla konkurence. Čtyři stanoviště bude v letech 2017 až 2020 provozovat stát.
Mediální pozornost přitáhlo rovněž znovuzvolení ředitele Všeobecné zdravotní pojišťovny Zdeňka Kabátka, který by měl největší pojišťovnu vést až do roku 2020. Funkční období ředitele mělo vypršet na konci listopadu, správní rada jej ale potvrdila ve funkci s tříměsíčním předstihem. Babiš to označil za skandální, podle něj je Kabátek kontroverzní osobou. Převraty se nevyhnuly ani Vojenské zdravotní pojišťovně, jejíhož ředitele Karla Šteina, trestně stíhaného kvůli nehospodárnému nakládání s penězi, se správní rada snažila odvolat. Podařilo se jí to až na druhý pokus a pojišťovna v prosinci vyhlásila výběrové řízení na nového šéfa.