Olomoucký kraj specifikoval jednotlivé položky stavby, firma ale u izolačního materiálu nabídla jinou tloušťku, než jaká byla v zadávací dokumentaci. Podle úřadu tedy jednoznačně nedodržela zadávací podmínky, a její nabídka se tak stala neporovnatelnou s ostatními a měla být vyřazena.
Rozhodnutí úřadu potvrdil i jeho předseda Petr Rafaj a kraj musel pokutu už v roce 2016 uhradit. Proti rozhodnutí ale podal žalobu k brněnskému krajskému soudu, který žalobu zamítl. Následovala kasační stížnost k Nejvyššímu správnímu soudu, ani ten ale námitky kraje neuznal. Tím Olomoucký kraj vyčerpal všechny dostupné opravné prostředky.
Nemocnice Přerov v roce 2011 zrekonstruovala ambulantní trakt v pavilonu chirurgických oborů a otevřela novou jednotku dlouhodobé intenzivní péče. V roce 2012 začala s přestavbou lůžkové části chirurgického pavilonu a byla také opravena část pavilonu interních oborů včetně lůžkové části interního oddělení. Investice celkově přesáhla 200 milionů korun, podílelo se na ní i hejtmanství a část peněz pocházela z evropských fondů.
Nemocnici v Přerově má spolu se zdravotnickými zařízeními v Prostějově a Šternberku v dlouhodobém pronájmu od kraje společnost Agel ocelářského magnáta Tomáše Chrenka, která tyto nemocnice provozuje prostřednictvím Středomoravské nemocniční.