Mezi velmi časté mýty patří, že očkování příliš zatěžuje imunitní systém a přirozenou imunitu, čímž paradoxně zvyšuje vnímavost k jiným infekčním onemocněním. Podle jiné „oblíbené“ pověry očkování způsobuje autismus, astma, roztroušenou sklerózu nebo jiná autoimunitní onemocnění. Často se tvrdí, že očkovací látky obsahují toxické látky, jež poškozují lidský organismus. Anebo že se zbytečně očkuje proti nemocem, které se již téměř nevyskytují. Tyto mýty pak vedou ke vzniku často až konspirativních teorií, jež zaplavují sociální sítě, internetové stránky a bývají chutným soustem pro bulvární a pseudovědecké časopisy. Laická veřejnost se v tomto prostředí jen velmi obtížně orientuje a nepozorný čtenář pak snadno mýtům a konspiracím podlehne.
Vytváří se neopodstatněný strach z očkování a zájem o vakcinaci klesá. Výsledkem je klesající proočkovanost a návrat některých infekcí, který doprovázejí komplikace a úmrtí. Týká se to jak dětí, tak dospělých.
Všechny tyto konspirativní teorie jsou však vědecky vyvrácené. Například poslední studie, zveřejněná letos v březnu v prestižním časopise americké lékařské společnosti JAMA, jež hodnotila data od více než 495 tisíc dětí napříč USA, potvrdila bezpečnost očkovacího kalendáře a neprokázala, že by očkování dětí v útlém věku vedlo k oslabení imunitního systému a vyšší vnímavosti k ostatním infekčním onemocněním. Očkovací kalendář dětí v USA přitom zahrnuje očkování proti 16 nemocem. Český očkovací kalendář dětí pro srovnání obsahuje očkování proti 11 nemocem (devět povinně, dva dobrovolně).
Podobně dosud žádná vědecká studie neprokázala vztah mezi očkováním a autismem. Jedna z posledních studií naopak ukázala, že již v šesti měsících věku lze detekovat známky poškození signalizující možný autismus. Tedy ještě dříve, než se živou vakcínou očkuje. Také studie francouzských lékařů sledující prospektivně po dobu šesti let dívky/ženy ve věku 11–25 let, která hodnotila bezpečnost očkování proti lidskému papilomaviru (HPV) v reálném životě ve vztahu k autoimunitním onemocněním, včetně diabetu, neprokázala tato rizika. Žádný z uvedených mýtů doposud nebyl vědeckou komunitou potvrzen, naopak řada jich již byla vyvrácena.