Patřil k oblíbeným lékařům, chudé, kteří si nemohli dovolit zaplatit, ošetřoval zdarma. Byl také poslancem zemského sněmu Království českého, členem řady společenských organizací (Svatobor, Hlahol, Umělecká beseda, Spolek českých lékařů a další) a spolupracoval s Františkem Ladislavem Riegrem na jeho naučném slovníku.
Pocházel z rodiny národně uvědomělého sládka z Michle Václava Podlipského, v dětství žil nějaký čas v Hořiněvsi u Hradce Králové. V Praze poté studoval filozofii a medicínu, doktorem se stal v roce 1843 ve Vídni. Po krátké praxi ve vídeňské všeobecné nemocnici se v roce 1845 vrátil do Prahy. Byl domácím lékařem, působil jako vychovatel, letech 1847-1851 pracoval v pražské všeobecné nemocnici, poté byl praktickým lékařem. Léčil mnohé významné osobnosti (Karel Havlíček Borovský, Božena Němcová, Karel Jaromír Erben, Pavel Josef Šafařík a další).
Od mládí se aktivně podílel na vlasteneckém hnutí. V roce 1832 se stal jedním ze spoluzakladatelů Matice české, o šest let později podnikl s Josefem Svatoplukem Presslem „přírodovědeckou“ cestu přes Moravu, Halič a Horní Uhry, při níž se mimo jiné seznámil s Janem Kollárem a Ľudovítem Štúrem. V roce 1848 spoluredigoval časopis Slovanská lípa, později přispíval do časopisů Květy, Česká včela či Vlastimil drobnými články o kultuře. Překládal menší prózy z polštiny a ruštiny. V letech 1857-1860 řídil a redigoval časopis Domácí lékař, přílohu časopisu Živa.
V roce 1858 se oženil se Žofií Rottovou (známou pod jménem Sofie Podlipská), se kterou měl syna Prokopa, pozdějšího právníka, a dceru Ludmilu, která se v roce 1879 stala manželkou spisovatele Jaroslava Vrchlického. Josef Podlipský zemřel na zápal plic a zánět mozkových blan 20. září 1867.