Klar se však nespokojil se založením ústavu na Hradčanech (1807). Pro ten sice vypracoval první stanovy a několik let jej vedl, později se však rozešel se správní radou, které vyčítal léčebný charakter ústavu a jeho bezperspektivní zaměření na hudební a náboženské vzdělání. Ústav tak dle Klara vychovával nevidomé pouze k žebrotě.
Klarovou snahou totiž bylo integrovat nevidomé do společnosti a dát jim dovednosti, které by je dokázaly uživit. Proto na sklonku svého života v roce 1832 založil Ústav pro zaopatřování a zaměstnání dospělých slepců v Čechách, kde se nevidomí učili různé rukodělné výrobě. Zdůrazňoval přitom, aby se tak dělo s respektem a plným porozuměním, což bylo ve své době prvkem zcela ojedinělým.
Pozemek pozdější budovy ústavu získal Klar darem od císaře Františka I. V současnosti v budově, která vyrostla na prostranství nedaleko Vltavy pod Pražským hradem, sídlí Česká geologická služba. Prostor u dnešní stanice metra Malostranská dnes nese Klarovo jméno - Klárov.
Obě Klarem založené instituce pro nevidomé dodnes fungují. Z ústavu na Hradčanech je Škola Jaroslava Ježka, na druhý Klárův ústav navazuje Střední škola Aloyse Klara v Praze - Krči.
Klar štědře dotoval své humanitární aktivity díky příjmu ze své publikační činnosti. Jako profesor pražské filozofické fakulty vydal řadu spisů (třeba O deklamaci a deklamatorických cvičeních), které ho finančně zajistily. Napsal také píseň ke mši Messgesang, které se dle Ottova slovníku naučného prodalo 70.000 výtisků a která se po zhudebnění ve formě staročeského chorálu a přeložení do češtiny stala velmi oblíbenou.
Rodák z německé měšťanské rodiny v Úšťeku na Litoměřicku (25. dubna 1763) po studiích filozofie (promoval v roce 1782) a teologie (1983-86) na pražské univerzitě působil na litoměřickém gymnáziu jako profesor gramatiky, klasických jazyků, ale i jako katecheta. V roce 1806 byl jmenován profesorem řecké filologie a klasické literatury na pražské univerzitě. Zde mimo jiné zavedl i kursy rétoriky, které dosáhly velké obliby a které údajně navštěvoval i Karel Hynek Mácha.
Klar měl k handicapovaným lidem velice blízko, neboť sám následkem pádu a poranění páteře zaostal ve vzrůstu a navíc trpěl oční chorobou. Vynikal však nejen vzděláním, ale i houževnatostí a schopností strhnou pro věc i ostatní. Na jeho záměr mu přispěla i císařovna, čehož využil v „kampani“ pro získání dalších dárců.
Kromě péče o nevidomé filantrop Klar založil několik podpůrných fondů pro chudé studenty, fond pro nemocnici či nadaci pro mladé umělce a chudé studenty filozofie. Z vlastních prostředků hradil pobyt čtyř slepců v ústavu. Klar byl také členem Hornolužické vědecké společnosti ve Zhořelci. Za své zásluhy získal čestná občanství Litoměřic i Prahy.
„Otec slepých“, jak se o něm píše na pamětní desce na rodném domě v Úštěku, zemřel 25. března 1833. Péči o ústav převzal jeho syn Pavel, později vnuk Rudolf. Oba se museli především snažit o získávání peněžních darů, neboť ústav se v podstatě neustále pohyboval na okraji finančního kolapsu.