Jeden ze zakladatelů moderní české oftalmologie se zabýval především srovnávací anatomií oka a vztahem očních chorob k chorobám ostatního těla. Jeho hlavním dílem jsou Zevní choroby oční, které vyšly tři roky po jeho smrti. Byl ale i výtečným pedagogem, vychoval mnoho výborných oftalmologů a měl silné sociální cítění.
Byl i jedním ze zakladatelů prvního ryze českého ústavu pro nevidomé v Praze. Ten vznikl v roce 1910 jako dobročinné zařízení určené výchově nevidomé mládeže. Od 20. let byl v tomto ústavu sídlícím na Maltézském náměstí stále více kladen důraz na výuku hudby se záměrem připravit žáky na profesi učitele hudby a ladiče klavíru a toto zaměření mu zůstalo dodnes. Od roku 2006 nese škola název Konzervatoř Jana Deyla a střední škola pro zrakově postižené a nabízí studium v oborech hudba, zpěv a ladění klavíru.