Obvyklé personální zemětřesení v čele ministerstva se v roce 2012 nekonalo, bylo ale ve vedení Všeobecné zdravotní pojišťovny (VZP) a její správní rady, změnil se také hlavní hygienik ČR. Nemocnice až téměř do konce roku nevěděly, zda dostanou od pojišťoven novou smlouvu.
Pacienti nově dostali legální možnost připlatit si na nadstandardní péči, dosud si mohli připlácet jen na služby, třeba lepší pokoj v nemocnici. Od roku 2012 si mohou zaplatit lepší sádru, oční čočku, některá očkování a vybraného operatéra. Zájem o nadstandardy je ale malý a nabídka se zatím nerozšiřuje. Ministerstvo čeká na vyjádření Ústavního soudu ke stížnosti, že platby pacientů za péči jsou protiústavní.
Ministr Leoš Heger (TOP 09) pokračoval v reformě pomaleji, než původně plánoval. Lékařská komora ji kritizovala a vyzvala ministra k odstoupení. Jeho odchod žádaly také zdravotnické odbory, které kvůli rušení akutních lůžek v nemocnicích vstoupily do stávkové pohotovosti.
Heger se ale mohl spolehnout na vládu i Sněmovnu. I proto se 17. prosince stal s 888 dny nejdéle sloužícím polistopadovým šéfem zdravotnictví. Kritici mu vytýkali, že víc než zájmy resortu hájí státní pokladnu a víc než ministrem zdravotnictví je náměstkem ministra financí.
Aférou roku se staly metanolové otravy, metanol v destilátech dostupných i v legální obchodní síti zabil 38 lidí. Dalším desítkám poškodil zdraví.
Částečného rozuzlení se v minulém roce dočkal sporný projekt internetových zdravotních knížek IZIP. Poté, co Heger dosáhl výměny členů správní rady VZP za stát, prosadil i to, že VZP vypověděla smlouvy IZIP na zdravotní knížky. VZP do projektu vložila za deset let téměř dvě miliardy, plošně se nerozšířil. Zrušení knížek se tedy většiny pacientů nedotklo. Heger dal kvůli krokům VZP v projektu IZIP trestní oznámení.
Mnohem víc pacienti pocítili změny, které přinesly od dubna zákony o zdravotních službách, specifických zdravotních službách a zdravotnické záchranné službě. Největší kritiku vyvolalo prodloužení dojezdových dob záchranky z 15 na 20 minut, odbory protestovaly.
Novinkou v reformních zákonech je pro pacienty to, že mohou určit, jakou si přejí léčbu, až o sobě nedokážou rozhodovat. Eutanazie nadále povolena není. Novela zákona o zdravotním pojištění zavedla očkování proti rakovině čípku hrazené z pojištění pro třináctileté dívky.
Lékařské odbory kritizovaly ministra kvůli nesplněným platovým slibům - lékaři v nemocnicích měli dostat od ledna navíc deset procent, dostali 6,5 procenta a jen ve státních nemocnicích. Lékařské odbory ČR, Slovenska, Polska a Maďarska uspořádaly v listopadu společný protest. Šlo jim hlavně o platy, v ČR se tématem stalo také rušení lůžek a hrozba rozpadu nemocniční sítě poté, co pojišťovny vypověděly všem nemocnicím k 31. prosinci smlouvy a nové nemocnicím dosud nedaly.
Proti Hegerovi se postavily odbory, nemocnice, pacientské organizace i lékařská komora. Když jednání o nových smlouvách nevedla k dohodě, vytvořily krizový štáb. Pod petice za zachování nynější nemocniční sítě se podepsalo přes 100.000 lidí. Pojišťovny chtějí zrušit 6000 akutních lůžek, skončit by mělo asi deset ze 154 akutních nemocnic. Štáb požadoval smlouvy pro všechny nemocnice a rušení lůžek až po analýzách. Pojišťovny nakonec nabídly podpis smluv do konce ledna 2013.