Poslanci mohou horní komoru přehlasovat. Senát také požádal ministerstvo zdravotnictví o to, aby co nejdříve předložilo koncepci primární prevence a hygienické služby.
Ministerstvo počítá se zachováním dosavadních regionálních pracovišť ústavů. Centralizací chce dosáhnout jejich ziskovosti, neboť stát je po první fázi reorganizace dotoval asi pěti miliony korun ročně. Dva ústavy prý mají větší šanci uspět ve výběrových řízeních na velké zakázky a vydělat si třeba na lepší laboratorní vybavení.
Ústí nad Labem jako sídlo ústavu místo Prahy navrhla Alena Dernerová (Severočeši.cz) a podpořil ji také Jan Žaloudík (ČSSD). Dernerová argumentovala tím, že ústav v Ústí je stejně jako pražský v černých číslech a že ústavy by měly být v regionech nejvíce postižených znečištěním.
Ministr zdravotnictví Leoš Heger (TOP 09) podotkl, že umístění sídel ústavů je ryze politické rozhodnutí. Se změnou předlohy ale nesouhlasil. Heger také slíbil, že ministerstvo bude na koncepci požadované horní komorou pracovat. Hygienické služby se novela týká; nynějších 59 pracovišť už nebude v zákoně jmenovitě uvedeno.
Při první reorganizaci vytvořilo ministerstvo pro administrativně technické činnosti ze 14 zdravotních ústavů sedm celků. Státnímu rozpočtu to uspořilo 600 milionů korun ročně.
Zdravotní ústavy zakotvila novela od ledna 2003. Hygienická služba se tehdy rozdělila na správní úřady, tedy krajské hygienické stanice, a na laboratorní a ostatní kapacity soustředěné do zdravotních ústavů. Zdravotní ústavy dostaly za úkol při státním dozoru například odebírat a vyšetřovat vzorky pitné vody a vody koupališť a testovat výrobky.
Státní zdravotní dozor podle ministerstva nyní zabírá jen nejvýše pětinu výkonu zdravotních ústavů. Zbývající kapacity nabízejí ústavy na trhu služeb. Z příjmů za diagnostiku, například viru chřipky či viru HIV, kterou platí zdravotní pojišťovny, dotují ústavy ostatní činnosti.