Zrušení zákona navrhli koaliční poslanci v čele s Markem Šnajdrem (ODS), kteří mají sílu senátní veto přehlasovat ve sněmovně.
Předseda senátorů ČSSD Petr Vícha připustil, že zákon je po zásahu Ústavního soudu „ne zcela funkční“ a ministerstvo zdravotnictví tak nemůže zákon plně využít. Místo prostého zrušení ale mělo ministerstvo přijít podle Víchy hned s novým dobrým zákonem. Jehož potřebnost zmínila i předsedkyně senátorů koaliční TOP 09 a Starostové Soňa Paukrtová, která navrhovala zrušení schválit. Předseda Senátu Milan Štěch (ČSSD) označil zrušení zákona za „vylití vaničky i s dítětem bez náhrady“.
Ústavní soud v zákoně na podnět senátorů ODS zrušil pro zásah do působnosti krajů a obcí výčet 146 bývalých okresních nemocnic, které se měly změnit na neziskové a přejít pod řízení a kontrolu ministerstva zdravotnictví. Ústavním soudcům vadilo i to, že zákon nařizoval pojišťovnám hradit péči v neziskových nemocnicích v rozsahu stanoveném ministerstvem; ostatní nemocnice by tím byly znevýhodněny.
Zrušení zákona navrhl spolu s kolegy poslanec ODS Marek Šnajdr, normu označil za „právní paskvil, který je nepoužitelný“. Podle něho je třeba obecnějších pravidel. Zastánci zrušení zákona poukazují mimo jiné na to, že podle něj ani jedna nezisková nemocnice nevznikla.
Sociální demokraté zase zrušení považují za další krok k privatizaci lůžkových zařízení. Stínový ministr zdravotnictví ČSSD David Rath (ČSSD) už dříve oznámil, že sociální demokraté v případě návratu do vlády zákon vypracují znovu a vytvoří síť neziskových nemocnic. Ministr zdravotnictví Leoš Heger (TOP 09) souhlasil s nutností síť kmenových nemocnic vybudovat. Platný zákon by podle něho vedl ke vzniku něčeho, čím byla socialistická Státní plánovací komise.
Zákon o neziskových nemocnicích uvádí, že by měly například právo na uzavření smlouvy o poskytování a úhradě zdravotní péče se zdravotní pojišťovnou bez výběrového řízení a byly by osvobozeny od daně z příjmů.