Ministerstvo by odškodnění vyplácelo podle předlohy do půl roku od doručení žádosti, pokud chybu neudělal očkující lékař nebo výrobce vakcíny. Maximální výši náhrady předloha nestanoví, ministerstvo chce postupovat podle občanského zákoníku a podrobnosti stanovit vyhláškou. Předpokládá, že celková výše náhrad nepřesáhne 100 milionů korun ročně. Odškodnění by se podle odborníků mohlo týkat méně než deseti případů ročně. Ministr zdravotnictví Adam Vojtěch (za ANO) uvedl, že náhrady by také mohly "otupit hrany odpůrců očkování".
Podmínkou odškodnění bude žádost podaná ministerstvu do tří let od doby, kdy újma vznikla. Kvůli obtížnému prokazování předloha nevyžaduje důkaz příčinné souvislosti. Neúspěšní žadatelé by se mohli obrátit do čtyř let na soudy.
Úprava odškodnění skupiny poslanců v čele s předsedkyni zdravotnického výboru Věrou Adámkovou (ANO) směřuje podle zdůvodnění k tomu, aby se nahrazovaly jen trvalé následky povinného očkování. Adámková se ohradila vůči výtkám opozičních poslanců z pirátské strany, KDU-ČSL, TOP 09 a STAN, že jde o značné zúžení odškodnění.
Ve složitých případech by ministerstvu zdravotnictví podle poslanecké úpravy mohla při posuzování žádostí pomoci odborná komise. Komise by se vyjadřovala k tomu, zda za újmou na zdraví skutečně stojí povinné očkování, nebo ne.
Lidovecký poslanec Vít Kaňkovský neprosadil změnu v dodávání pokladů k posuzování případů. Chtěl aby zdravotnickou dokumentaci k žádosti o odškodnění nemuseli zajišťovat rodiče, ale bylo by to na ministerstvu.
V Česku jsou děti povinně očkovány proti devíti nemocem, včetně nepovinných vakcín je to ročně milion dávek. Povinnost vysvětluje ministerstvo ochranou zdraví celé společnosti. Proti infekci jsou v případě vysoké proočkovanosti chráněni i ti, kteří ze zdravotních důvodů očkováni být nemohou. Roste ale počet rodičů, kteří děti očkovat nenechávají nebo ho odkládají do vyššího věku, protože je považují za nebezpečné. Závažné nežádoucí účinky ale podle odborníků nejsou prokázány.