Tým složený z biochemiků, molekulárních biologů, bioinformatiků a lékaře-patologa využil pro klasifikaci nádorů metodu stanovující hladiny několika tisíc bílkovin v každém vzorku nádorové tkáně. Jejich práci zveřejnil vědecký časopis Cell Reports.
Nádory prsu se aktuálně dělí do pěti takzvaných podtypů, které se liší z hlediska molekulární podstaty onemocnění, jejího průběhu i prognózy. Jejich správné rozpoznání umožňuje vybrat nejúčinnější léčbu. Lékaři nyní pro stanovení podtypu nádoru využívají převážně metody, kterými stanovují přítomnost několika konkrétních bílkovin v nádorové tkáni. Určení jejich množství je ale mnohdy spíše orientační. Nová metoda na bázi SWATH hmotnostní spektrometrie přináší lepší výsledky.
Základ metody vyvinuli odborníci v laboratořích ETH Curych ve spojení s firmou SCIEX. Brněnští vědci se švýcarskými kolegy pak s její pomocí analyzovali téměř sto vzorků nádorových tkání z Masarykova onkologického ústavu.
"Z tisíců bílkovin měřených metodou SWATH jsme vybrali tři, které jsou klíčové pro zařazení nádorů prsu do základních subtypů. Naše metoda umí nejen rozlišit stávající subtypy, ale ukázala také, že agresivnější subtypy jsou samy o sobě velmi variabilní. Právě proto je chceme dál analyzovat a klasifikovat," uvedl hlavní autor práce, biochemik Pavel Bouchal.
Výzkum trval pět let a podpořila ho Grantová agentura ČR a také interní Grantová agentura Masarykovy univerzity. Podle Bouchala může být metoda použitá i pro klasifikaci dalších nádorových onemocnění. Aktuálně se vědci zaměřují také na nádory ledvin a jejich metastazující formy.
I když možnost lépe zařazovat jednotlivé pacienty do molekulárních subtypů vypadá slibně, jde zatím o základní výzkum. K zavedení do praxe vede podle odborníků dlouhá cesta. Metoda musí projít dalším několikaletým testováním a schvalováním, na kterém se už většinou podílejí komerční firmy.