Současný ředitel Jan Malý je terčem kritiky, hospodaření IKEM pod jeho vedením bylo podle médií neprůhledné a majetkové poměry managementu jsou nepřiměřené. IKEM dnes oznámil, že zadá hloubkový audit hospodaření a nakládání s majetkem z období před nástupem současného managementu.
„Důvodem výběrového řízení je snaha IKEM personálně stabilizovat a získat pro něj novou legitimitu,“ vysvětlil Sršeň.
Média označila za problematickou například čtyřletou zakázku na nákup speciálního zdravotnického materiálu, která původně měla stát dvě miliardy korun. Údajně ji získala neznámá firma bez zaměstnanců. Podle Malého se přihlásilo pět společností, měly podat závaznou nabídku, což udělalo jen sdružení pěti dodavatelských firem vedených Kardioportem. Zakázku prověřil antimonopolní úřad a neshledal žádné pochybení.
IKEM se dostal na přední stránky novin také kvůli nejasnostem kolem mnohamilionových majetků svých manažerů. Média psala, že syn ředitele, který v IKEM pracuje jako řadový lékař, si koupil byt za 16,5 milionu. O hospodaření kliniky a majetky šéfů se tehdy začala zajímat policie.
O IKEM se psalo i v souvislosti s údajným plagiátem vědecké práce dvou jeho pracovníků, opsat ji měl uchazeč o místo šéfa transplantační chirurgie Jiří Froněk. Ředitel ho jmenoval poté, co nařčení vyvrátila komise Univerzity Palackého v Olomouci, která práci o transplantaci tenkého střeva u potkanů i okolnosti jejího vzniku podrobně prostudovala.
Podle Hegera je potřeba, aby jedno z největších specializovaných pracovišť v Česku, kterým IKEM například počtem orgánových transplantací je, neztratilo nic ze svého roky budovaného renomé a nabralo dech pro další rozvoj. „Výjimečný statut IKEM by neměl být ničím narušen. Proto se pan ministr rozhodl vypsat výběrové řízení, ze kterého vzejde ředitel s plným mandátem daným tímto transparentním procesem,“ uvedl mluvčí.
Podle náměstka ředitele pro ekonomiku a obchod IKEM Michala Stiborka bude předmětem hloubkového auditu především čerpání prostředků z dotací ministerstva zdravotnictví v letech 1997 až 2005 na nákup zdravotnického vybavení. Tehdy budoval IKEM moderní monoblok o dvou podzemních a pěti nadzemních podlažích za 1,2 miliardy, kam se přestěhoval z původních budov v areálu Thomayerovy nemocnice. IKEM na to dostal stamilionové dotace.
„V současné době IKEM jedná s auditorskou společností Ernst & Young Audit o zadání přesné specifikace,“ řekl náměstek ČTK.
IKEM podle výročních zpráv dlouhodobě dosahuje dobrých hospodářských výsledků, což Heger ocenil. Loni přesáhl hospodářský zisk IKEM po zdanění 32 milionů korun. Hrubý provozní zisk (před započtením úroků, daní a odpisů) činil 234 milionů. Činnost i rozvoj hradí IKEM sám bez nároků na provozní dotace, a to i v loňském roce, který byl pro zdravotnictví nepříznivý.
IKEM je největším transplantačním centrem v ČR. Má v zavádění transplantačních programů řadu prvenství - zdejší lékaři v roce 1966 jako první v republice transplantovali ledvinu. V roce 1984 odstartoval program transplantací srdce a v roce 1995 jater včetně jaterních transplantací u dětí. IKEM provádí jako jediné pracoviště v zemi transplantace slinivky a chystá jako první v Česku také transplantaci tenkého střeva.