Krev novorozence, která zůstane po přerušení pupečníku v placentě, má podobné využití jako kostní dřeň, její výhodou je takzvaná imunitní nezralost, která způsobuje méně pozdějších komplikací.
Zprvu se používala pupečníková krev od příbuzných, později se transplantace začaly provádět i od nepříbuzenských dobrovolných dárců. Pro nepříbuzenské transplantace se začaly na celém světě budovat banky pupečníkové krve. V České republice poprvé úspěšně transplantovali pupečníkovou krev v listopadu 1994, příjemcem byl osmiletý chlapec s poruchou imunity. V pražském Motole v létě toho roku získali pupečníkovou krev jeho sourozence, kterou potom v listopadu použili při zákroku.