Městská část především namítala to, že stavba zasáhne do významného krajinného prvku - údolní nivy na takzvaném Holešovickém ostrově. NSS se ztotožnil s městským soudem, magistrátem i se závaznými stanovisky orgánů ochrany životního prostředí, z nichž vyplývá, že území jako údolní niva dlouhodobě neslouží.
Z prostoru Holešovického ostrova se stal brownfield a existují tam významné dopravní a průmyslové stavby. Území tak neplní ani retenční funkci při povodních, ani funkci rekreační. K námitce městské části, že prostor lze v budoucnu revitalizovat, soud uvedl, že budoucí využití území je otázkou územního plánu, nikoli řízení o umístění stavby.
Ani námitky městské části k nevhodnosti umístění stavby do záplavové oblasti nejsou podle soudu důvodné. Správní orgány s umístěním stavby souhlasily, protože oblast je chráněná dostatečnými protipovodňovými opatřeními. "Jediné omezení dopravy, které v případě povodní hrozí, je omezení podjezdu pod mostem Barikádníků, ze zbylých směrů však zůstane přístup ke stavbě nedotčen," stojí v rozsudku.
Nové sídlo pro záchranku chtěla Praha vybudovat původně na Bulovce. V roce 2007 ale tehdejší vedení Prahy od záměru ustoupilo. O dva roky později pražští radní vybrali místo v Troji. Stejně jako v případě Bulovky bylo vydáno územní rozhodnutí i rozhodnutí o umístění stavby, a navíc byla vypracována dokumentace pro získání stavebního povolení. Proti záměru se postavila radnice v Troji. Nakonec vedení města vybralo nedostavěnou budovu na Palmovce.