U zvířat jde hlavně o rezistentní stafylokoky a některé kmeny E.coli. Podle něj je problém větší u společenských zvířat než u chovných.
V březnu rozhodl Evropský parlament, že musí skončit rozšířená praxe podávání antibiotik zdravým zvířatům v zemědělských chovech. Podle expertů antibiotika podávaná zvířatům preventivně nebo kvůli jejich rychlejšímu váhovému přírůstku ohrožují potenciálně i lidské zdraví, protože zvyšují riziko odolnosti bakterií vůči lékům. Podle Daniela je tento problém jenom okrajový, protože většina rezistencí pochází právě od domácích zvířat.
Evropská komise navrhla omezení užívání antibiotik u zvířat už před dvěma lety, poslanci se ale rozhodli oproti původnímu znění směrnici ještě zpřísnit. Nejde jim jen o zákaz přidávání antibiotik do krmiv, ale obecně o ukončení praxe preventivního podávání antibiotik v chovech, kde zrovna nejsou nemocná zvířata. Zemědělci totiž nyní často tyto léky využívají k tomu, aby zvířata udrželi v dobré kondici a aby je dokázali rychleji vykrmit před porážkou.
Podle Evropského parlamentu by nasazení antibiotik u zvířat měl vždy schvalovat veterinář, a nemělo by se tedy stávat, že zvířata léky dostanou jen na přání chovatele.
Lékaři i veterináři dlouhodobě varují, že nadměrné užívání antibiotik může způsobit odolnost bakterií vůči těmto lékům, což by znamenalo, že při některých infekcích už nebude organismus na léčbu antibiotiky reagovat. To může být v některých případech velmi nebezpečné, či dokonce smrtelné. Odolnost vůči některým antibiotikům u člověka ale mohou způsobit i zbytky antibiotik, která se k němu dostanou v potravinách, například v mase.
Česká Státní veterinární správa loni před rizikem vzniku rezistence u zvířat i u člověka varovala. V ČR se spotřeba antibiotik v chovech hospodářských zvířat v posledních letech zvýšila - v letech 2012 až 2015 vzrostl prodej veterinárních antibiotik až o pět procent.