V roce 2016 se do nově vzniklé sítě expertů přihlásilo více než 1000 pracovišť z 365 univerzitních nemocnic v Evropě, kritéria pro výběr přitom byla velice přísná. Pro Fakultní nemocnici Brno je proto velkou ctí, že do této prestižní sítě těch nejlepších odborných center patří od prosince 2016 také Neuromuskulární centrum FN Brno, Centrum pro vzácná kožní onemocnění a EB Centrum Dětského kožního oddělení Pediatrické kliniky FN Brno.
Do Euro-NMD (European Network of Reference Centers for Rare Neuromuscular Diseases), tedy Evropské referenční sítě pro vzácná neuromuskulární onemocnění, bylo přijato Neuromuskulární centrum FN Brno s pracovišti Neurologická klinika a Klinika dětské neurologie. Toto centrum se dlouhodobě soustředí především na dědičné a získané svalové choroby, onemocnění neuromuskulárního přenosu (především myastenie), onemocnění motoneuronů a vzácné autoimunitní neuropatie. Tato onemocnění vyžadují multidisciplinární přístup, zkušenosti a centralizaci péče, přičemž řada terapeutických postupů patří mezi tzv. mimořádně nákladnou léčbu. Z celkového počtu 61 center této referenční sítě prošla schvalovacím procesem z České republiky pouze dvě centra, a to Fakultní nemocnice Brno a Fakultní nemocnice Motol.
Do ERN-SKIN (European Reference Network for Rare and Undiagnosed Skin Diseases), tedy Evropské referenční sítě pro vzácná a nediagnostikovatelná kožní onemocnění, bylo přijato Dětské kožní oddělení Pediatrické kliniky, konkrétně Centrum pro vzácná kožní onemocnění a EB Centrum. Z celkového počtu 52 center této referenční sítě byla z České republiky přijata pouze čtyři centra, dvě z Prahy a dvě z Brna, přitom Dětské kožní oddělení bylo uznáno jako jediné z České republiky pro vzácné vrozené vady kůže v celém rozsahu. Toto pracoviště se dlouhodobě zaměřuje na vrozená kožní onemocnění, má vybudován mezioborový tým nejen pro epidermolysis bullosa congenita (EB Centrum), ale i pro jiné genodermatózy. Dětské kožní oddělení rovněž úzce spolupracuje s Centrem molekulární biologie a genové terapie (CMBGT) Interní hematologické a onkologické kliniky, které vyšetřuje devadesát genů pro vrozená kožní onemocnění.