První informace o slučování organizací kvůli plánovaným vládním škrtům vyvolaly obavy pracovníků krajských hygienických stanic. Údajně se měly stát součástí systému veterinárních správ a zemědělské a potravinářské inspekce. To ministr popřel.
Ministerstvo počítá se sloučením Zdravotní pojišťovny ministerstva vnitra s Vojenskou zdravotní pojišťovnou. Sloučit by se měl Ústav zdravotnických informací a statistiky s Koordinačním střediskem pro resortní informační systémy, v plánu je zrušení Státního zdravotního ústavu a fúze činností do Zdravotního ústavu Praha.
Činnosti Endokrinologického ústavu budou převedeny do Institutu klinické a experimentální medicíny. Národní lékařská knihovna by se měla stát součástí příspěvkové organizace Národní knihovna.
Sloučit by se mělo brněnské Centrum transplantační a kardiovaskulární chirurgie s Fakultní nemocnicí u svaté Anny. Zrušeny budou Zdravotnické zásobování krizových stavů, laboratoř přírodních léčivých zdrojů a omezena administrativa zdravotních ústavů, kde se sloučí 14 dosavadních ředitelství do dvou.
Ročně hospodaří ministerstvo se zhruba šesti miliardami korun. Zdravotnictví spotřebuje ročně kolem 300 miliard korun, většinu ale spravují zdravotní pojišťovny.