Ústav má na zvláštním účtu přes dvě miliardy korun. Rezervy měl na nové projekty, jako jsou zavádění systému elektronických receptů a rozhodování o cenách a úhradách zdravotnických prostředků. Z těchto projektů zatím sešlo.
Stát chce ve zdravotnictví mimo jiné finančně pomoci pražské Nemocnici Na Bulovce a brněnské Fakultní nemocnici u sv. Anny. Do dvou nemocnic by mělo jít kvůli jejich špatné ekonomické situaci celkem 700 milionů korun. Bez finanční injekce by byl ohrožen výkon stanoveného rozsahu zdravotní péče, píše se v důvodové zprávě. Brněnská nemocnice by podle zprávy musela poskytování péče úplně přerušit.
Výpadek příjmů z regulačních poplatků má letos činit asi 4,2 miliardy korun, z toho u ambulancí a lékáren asi 3,27 miliardy korun. Stokorunové platby v nemocnicích zrušil od loňského ledna Ústavní soud s tím, že pro řadu občanů činí nemocniční péči nedostupnou. Proti návratu k platbě 60 korun v nemocnicích soud nic nenamítal, koalice se ale rozhodla ji neobnovovat.