Za rok spotřebuje resort kolem 290 miliard korun, z nich většinu, přes 220 miliard Kč, je výběr zdravotního pojištění. Zbytek jsou peníze od krajů a měst a platby pacientů.
Nedílnou součástí státního rozpočtu jsou odvody státu na zdravotní pojištění dětí, důchodců či nezaměstnaných, neuvádějí se však v kapitole ministerstva zdravotnictví, ale ministerstva financí. Vláda by ve středu měla projednat zvýšení platby za jednoho státního pojištěnce o 77 korun na 800 korun měsíčně. Zdravotnictví by to přineslo navíc 5,7 miliardy ke zhruba 53 miliardám, které ročně na tyto účely jdou.
Výdaje ministerstva zdravotnictví by podle návrhu měly v příštím roce činit 6,699.243.968 korun. Jsou v tom výdaje na státní správu, tedy na chod úřadu a organizačních složek státu, 1,761 miliardy korun a výdaje na výzkum a vývoj ve zdravotnictví 1,527 miliardy. Ústavní péče by měla mít ze státního rozpočtu 1,024 miliardy korun, zvláštní zdravotnická zařízení a služby pro zdravotnictví 1,05 miliardy. Na zdravotnické programy by mělo jít 693,6 milionu a na ostatní činnosti ve zdravotnictví 641,7 milionu.
Na zahraniční rozvojovou spolupráci se v návrhu státního rozpočtu počítá v příštím roce se třemi miliony korun, na program sociální prevence a prevence kriminality s 50.000 korun. Na program protidrogové politiky by mělo jít téměř 16,2 milionu, na zajištění přípravy na krizové situace 8,835 milionu a na očkování pravidelné i mimořádné a na pandemický plán 20 milionů korun.