Hlavní hygienik Vladimír Valenta, který je také náměstkem ministra, už pokračovat nechce.
„Výběrové řízení na jeho post vypisuje ministerstvo vnitra, protože hlavního hygienika jmenuje vláda,“ vysvětlil ministr.
Němeček má celkem osm náměstků, šest odborných, jednu politickou náměstkyni a hlavního hygienika.
Náměstkyní pro řízení sekce strategií, kam je zařazeno oddělení koncepcí zdravotní péče a odbor informatiky, je bývalá politička KDU-ČSL Lenka Ptáčková Melicharová. Působila v roce 2007 jako náměstkyně ministra vnitra pro evropské záležitosti a v roce 2013 jako náměstkyně ministra obrany. Před nástupem do funkce vedla tým Němečkových poradců.
Náměstkyní pro sekci majetkových a mezinárodních věcí, kam patří i oddělení veřejných zakázek, odbor mezinárodních věcí a hospodářské správy, je Lenka Taie Kolaříková. Dřív vedla brněnskou pobočku Úřadu pro zastupování státu ve věcech majetkových a byla ředitelkou Němečkova kabinetu.
Náměstek pro legislativu a právo Radek Policar působil mimo jiné na pozici náměstka pro právní služby a personalistiku a posléze zástupce ředitele Masarykova onkologického ústavu Brno.
Náměstek pro ekonomiku a přímo řízené organizace Petr Landa působil jako generální ředitel a člen představenstva Penzijní fond VZP ČR, má zkušenosti s vedením menší nemocnice a byl ekonomickým náměstkem Nemocnice Na Bulovce.
Náměstek pro zdravotní pojištění, politik KDU-ČSL Tom Phillip působil tři volební období v Radě městské části Praha 12, byl náměstkem ředitele Thomayerovy nemocnice.
Náměstek pro zdravotní péči profesor Josef Vymazal, nominovaný hnutím ANO, přišel na ministerstvo z Nemocnice Na Homolce, kde je primářem radiodiagnostického oddělení.
Nepolitické náměstky doplňuje politická náměstkyně, místopředsedkyně ČSSD Lenka Teska Arnoštová, která působila na ministerstvu zdravotnictví už dřív. Byla ředitelkou legislativně právního odboru v agentuře CzechInvest, působí jako odborná asistentka na Ústavu veřejného zdravotnictví a veřejného práva 1. LF UK.
Hlavní hygienik a náměstek pro ochranu a podporu veřejného zdraví působil na ministerstvu od října 2012, kdy vystřídal Michaela Víta. Po vzniku krajů se stal hlavním hygienikem a ředitelem Krajské hygienické stanice. O funkci se údajně ucházejí Eva Gottvaldová, Jarmila Rážová a Pavla Svrčinová.