Po Němečkově prověrce hospodaření nemocnic byl už třeba odvolán šéf Fakultní nemocnice Královské Vinohrady Marek Zeman (ODS).
Anonymy podle týdeníku vyhrožují ministrovi, že auditem proti sobě „pozvedá vzdor velmi mocných osob“ a „narazil do skály, která ho rozdrtí“. Mluvčí ministerstva obsah anonymů nezveřejnila, „nervozitu v určitých kruzích“ však podle ní mohlo vzbudit rušení dceřiných firem Nemocnice Na Homolce, zmíněné odvolání ředitele vinohradské nemocnice a další opatření. Ředitele Vinohrad Zemana ministr odvolal kvůli ekonomickým problémům nemocnice, které potvrdil právě ministerský audit.
Loni se přitom dostal Němeček do sporu s ministrem financí Andrejem Babišem (ANO), když se zastával ředitelů nemocnic, kteří kritizovali audit čerpání evropských dotací prováděný v nemocnicích ministerstvem financí.
Podle Babiše panovalo podezření na předražení projektů a porušování pravidel zakázek. Ministerstvo financí začátkem května oznámilo, že audity čerpání peněz z EU v letech 2008 až 2013 na nákup přístrojů a vybavení onkologických a traumatologických center ukázaly pochybení za zhruba 300 milionů korun. Evropská komise za to strhla nemocnicím 78,5 milionu. Podle ministerstva zdravotnictví je ale stržená částka neobvykle nízká a dokazuje, že nákupy nebyly předražené.