Nemocnice podle ÚOHS v letech 2008 až 2010 zadávala některé zakázky na poskytování služeb bez výběrového řízení, případně použila nesprávný druh zadávacího řízení. Chybný postup se podle ÚOHS týkal například smlouvy se společností AMEDIS, spol. s r.o. na provádění servisu, pravidelné údržby a pro zajištění bezpečného chodu zdravotnické techniky. Dále smluv na ostrahu, právní služby nebo na služby komunikační a systémové infrastruktury.
„U tří smluv zadavatel neprovedl žádné transparentní zadávací řízení, které by objektivně dokládalo, že smluvní vztah s dodavateli vznikl na základě řádně fungujícího soutěžního prostředí,“ uvedl již dříve Rafaj. U jedné ze smluv nemocnice zaplatila za zakázku přes 16 milionů korun, ve druhé téměř 3,5 milionu a v dalším případě nebyl stanovený žádný finanční strop.
U smluv na právní služby nemocnice podle ÚOHS rozdělila předmět veřejné zakázky tak, aby se dostal pod limit dva miliony korun platný podle tehdejší právní úpravy pro zakázky malého rozsahu, při nichž nebylo povinné dodržovat postup podle zákona o veřejných zakázkách. Smlouvy na právní služby uzavírané se dvěma firmami v součtu podle ÚOHS přesáhly deset milionů korun.
Chyby ve smlouvách a výběrových řízeních odhalil loni i audit ministerstva zdravotnictví. Ministr pak minulý rok v dubnu odvolal tehdejší ředitelku nemocnice Kateřinu Toběrnou. Případem se začala zabývat policie.