Do prosince 2011 nesla nemocnice přízvisko fakultní, které dostala v 50. letech, kdy se také stala státní nemocnicí. Přišla o ně spolu s Thomayerovou nemocnicí v Krči, výuka mediků zde ovšem zůstala zachována i nadále. Zřizovatelem nemocnice je ministerstvo zdravotnictví, v posledních dekádách se opakovaně hovořilo o tom, že by ji mohlo převzít hlavní město. Praha je totiž majitelem asi tří čtvrtin areálu nemocnice, v posledních letech do ní investovala 600 až 700 milionů korun.
Nevyjasněná pozice nemocnice přitom již od 90. let, kdy se o možném převodu začalo vážně uvažovat, dlouho ovlivňovala ochotu města i státu do areálu investovat. Pro Prahu je přitom Bulovka lákavá i proto, že hlavní město nedisponuje velkým zdravotnickým zařízením. Nejblíže k realizaci měly tyto plány zhruba před šesti lety, když ministerstvo zdravotnictví vedl Leoš Heger (TOP 09) a primátorem byl Bohuslav Svoboda (ODS). Nakonec ovšem z chystaného převodu sešlo.
V prosinci 2013 převzala vedení nemocnice Andrea Vrbovská, kterou ministr Adam Vojtěch (za ANO) odvolal letos v lednu; později naznačil, že za jejím odchodem je podezření na přílišný vliv lobbistických skupin. Nahradil ji její statutární zástupce František Novák, který se od 1. května stal novým ředitelem, již 14. šéfem Bulovky od roku 1989. Ministerstvo v nemocnici také zahájilo kontrolu, minulý týden navíc na Bulovce zasahovala policie kvůli zakázkám z uplynulých let. Vrbovskou kvůli nim obvinila, podle informací médií skončila ve vazbě. Obviněn byl také Novák.
Nemocnice se řadu let potýká se ztrátovým hospodařením, v roce 2014 jí například vláda poslala jednorázovou podporu 200 milionů korun, protože hrozilo, že bude ohrožena péče o pacienty. O rok později už zařízení opět vykázalo zisk 31,5 milionu korun, za rok 2016 pak 1,3 milionu korun. Obrat nemocnice se přitom pohyboval mezi 2,6 a 2,8 miliardy korun. Zhruba před rokem a půl se pak nemocnice po mnohaměsíčních sporech dohodla s Prahou na nové nájemní smlouvě, uzavřené na 20 let s desetiletou opcí. Nájemné se zvedlo zhruba čtyřikrát na 28 milionů korun ročně.
Dnešní areál byl otevřen v červnu 1931, historie nemocnice ale sahá mnohem dále. První pacienti se tu léčili už v roce 1896, když v dolní části jižního svahu bývalé usedlosti libeňská obec postavila nemocnici o dvaceti lůžkách. Určena byla pacientům s tuberkulózou, a toto zaměření se pak promítlo i do dalšího vývoje ústavu. V roce 1936 byla dobudována uznávaná dermatovenerologická klinika, v roce 1940 infekční pavilon, interna zahájila v roce 1941. Areál nemocnice se rozšiřoval i v dalších dekádách.
Z doby druhé světové války je Bulovka spojena hlavně s atentátem na zastupujícího říšského protektora Reinharda Heydricha. Postřelili ho 27. května 1942 nedaleko nemocnice, v níž pak 4. června zemřel. Pracovníci nemocnice se ale také zapojili do odboje. Lékaři tu pečovali o raněné z květnového povstání a po válce pomáhali při likvidaci cholery a dalších infekčních nemocí v Terezíně.