Kontroloři prověřovali údaje závěrečného účtu kapitoly státního rozpočtu týkající se ministerstva, vedení účetnictví a sestavení účetní závěrky za předminulý rok. V závěrečném účtu a finančním výkazu nebyly podle NKÚ významné chyby. Nedostatky odhalila kontrola jen v části účetní závěrky, větší část údajů ale považují kontroloři za spolehlivou. "Účetní závěrka ministerstva zdravotnictví za rok 2017 tak podle názoru NKÚ podává věrný a poctivý obraz předmětu účetnictví, s výhradou uvedených nesprávností," sdělila Jana Gabrielová z odboru komunikace NKÚ.
Kontroloři také našli nedostatky ve vnitřním kontrolním systému ministerstva. V roce 2017 ministerstvo například neuzavřelo smlouvu o poskytování právních služeb písemně, i když mělo povinnost ji uveřejnit v registru smluv. Zaplatilo tak přes sedm milionů korun za právní služby bez účinné smlouvy. NKÚ proto podal oznámení o porušení rozpočtové kázně finančnímu úřadu.
"Ministerstvo zdravotnictví bezodkladně přijalo ke všem zjištěným nesrovnalostem a nedostatkům opatření k jejich odstranění a nastavilo kontrolní mechanismy tak, aby se uvedené nesprávnosti a nedostatky již v dalším účetním období neopakovaly," oznámila v reakci na prověrku mluvčí ministerstva zdravotnictví Gabriela Štěpanyová.
Kladně NKÚ ohodnotil třeba přístup ministerstva k výsledkům předchozí prověrky. Ministerstvo podle kontrolorů napravilo zjištěné chyby a přijalo dostatečná opatření.