Během projednávání novely se ale projevily spory mezi ministerstvy obrany a dopravy, které se týkaly provozování letišť. Obrana se obávala, že by mohla o část letišť přijít. Poslanci proto začátkem února místo schvalování vrátili novelu k dalšímu projednání, aby ministerstvo dopravy mělo čas přijít s řešením.
Ministerstvo obrany mělo strach, že kvůli jednomu z pozměňovacích návrhů by mohlo přijít o letiště Plzeň Líně. Podle ministerstva by pozměňovací návrh znamenal, že by provozovatel letiště mohl požádat o vyvlastnění pozemků, na kterých stojí. Ministr dopravy Dan Ťok (za ANO) dnes před poslanci řekl, že obě ministerstva nakonec dospěla k tomu, že ke vzájemně přijatelnému řešení je možné dospět pouze v delším časovém horizontu a nikoli pod časovým tlakem. „Podařilo se nalézt dohodu, že to teď řešit nebudeme, protože ono to není úplně jednoduše řešitelné,“ řekl Ťok.
„Zároveň byla potvrzena dohoda, kterou jsem uzavřel s ministrem obrany (Martinem Stropnickým, ANO), že žádná ze stran nepodpoří žádný pozměňovací návrh směřující do právní úpravy provozování letišť,“ řekl Ťok před poslanci. Ministerstvo podle něj podporuje jen některé pozměňovací návrhy, jako je například zvýšení nejvyšší povolené hmotnosti leteckých modelů na 25 kilogramů nebo možnost pilotů létat pro aerolinky i na živnostenské oprávnění.
Novela ve vládou předložené podobě počítá v boji s hlukem s tím, že provozovatelé budou muset vypracovávat zprávy o provozu a hluku na letišti i o zavedených nebo zamýšlených opatřeních. Budou muset také hodnotit jejich dopady.