Nejčastěji se protony léčily nádory mozku a míchy, hlavy a krku a nádory hematoonkologické.
O účinnost protonů vedou lékaři na celém světě spor. Pro některé nádory, například mozku, jednoznačně protony doporučují. Naproti tomu pro nádory prostaty či prsu je podle nich klasická fotonová léčba stejně účinná, přitom je výrazně levnější.
VZP dala za protonovou léčbu za tři roky téměř 107 milionů korun, VoZP 83 milionů. Zdravotní pojišťovna ministerstva vnitra (ZPMV) za 40 pacientů zaplatila přes 32 milionů, Česká průmyslová zdravotní pojišťovna (ČPZP) za 50 pacientů téměř 28 milionů korun. Oborová zdravotní pojišťovna (OZP) uhradila téměř 18 milionů korun za 47 pacientů, Zaměstnanecká pojišťovna Škoda přes osm milionů za 11 pacientů a Revírní bratrská pokladna přes dva miliony korun za dva pacienty. Cena za pacienta vychází z indikace a počtu aplikovaných dávek záření.
Čeští pacienti se léčí v protonových centrech v Praze a Mnichově, výjimečně jinde. Mluvčí VZP Oldřich Tichý ČTK řekl, že léčení v pražském centru uhradili 82 lidem, v mnichovském 35 a jednomu ve Švýcarsku. Zaměstnanecké pojišťovny posílají pacienty většinově do pražského centra.
„Průměrný věk klientů VZP léčených v letech 2013 až 2015 protonovým svazkem je 42 let, nejmladšímu byly v den podání žádosti čtyři roky, nejstaršímu 79 let. Celkem byla léčba schválena 18 dětem, všem pediatrickým pacientům bylo vyhověno a léčba uhrazena,“ uvedl Tichý.
Ze sedmi pojišťoven nemá smlouvu s pražským centrem jen VZP. Do loňska hradila léčení podle individuálně sjednané ceny, od ledna 2016 je protonová léčba v seznamu výkonů i s cenami. VZP a protonové centrum si neúspěšně vyměnily už řadu návrhů. V lednu 2016 zaslala VZP centru návrh standardní rámcové smlouvy, jakou dává všem zdravotnickým zařízením. Návrh poslala ministerstvu zdravotnictví k posouzení.
Ministerstvo se podle Svatopluka Němečka (ČSSD) ale vyjadřovat ke smlouvě nebude. „VZP je samostatným subjektem a my jí rozhodně nebudeme říkat, jakou smlouvu má uzavírat. K tomu mají mantinely od správní rady. Musí se řídit zájmem pacientů a zákonem,“ řekl ministr ČTK.
Ředitelka pražského protonového centra (PTC) Iva Taťounová ČTK řekla, že návrh projednávají zástupci obou stran. „Prioritou PTC je zpřístupnění léčby klientům VZP, a to na základě podobného smluvního vztahu, který mají s PTC zaměstnanecké pojišťovny,“ uvedla.
VZP a pražské protonové centrum vedly dlouholetý spor o platnost smlouvy o smlouvě budoucí z roku 2006, která zaručovala centru na 15 let miliardu korun ročně za léčení 1600 klientů VZP s rakovinou. Na tyto požadavky odmítla VZP přistoupit. Centrum spor prohrálo, načež ceny pro VZP zvýšilo.
Proton Therapy Center je soukromý projekt v areálu Nemocnice Na Bulovce, funguje od prosince 2012, jeho vznik si vyžádal 3,5 miliardy korun.