V případu je sporný požadavek na certifikát systému řízení bezpečnosti informací, který měli údajně uchazeči o zakázku předložit. Podle původních závěrů ÚOHS byl tento požadavek na kvalifikaci firem nezákonný a nemocnice se mohla dopustit skryté diskriminace dodavatelů.
Rafaj ale při přezkumu rozhodnutí svých podřízených dospěl k jinému závěru. Podle něj nemocnice certifikát uvedla jako příklad způsobu prokázání kvalifikace a po firmách jej povinně nevyžadovala. Pokutu proto zrušil a případ vrátil svým podřízeným. Ti mohou řízení zastavit nebo pokutu znovu uložit.
Zakázku na obnovu přístrojového vybavení onkologie Thomayerovy nemocnice vyhrála společnost HOSPIMED s konečnou cenou 79 milionů korun.
Loni antimonopolní úřad pražské Thomayerově nemocnici zrušil kvůli chybám tendr s předpokládanou hodnotou 36 milionů korun, ve kterém hledala firmu na praní nemocničního prádla. Rozhodnutí ÚOHS je pravomocné, nemocnice se proti němu neodvolala.