Změnu dneškem zakotvuje novela zákona o ochraně veřejného zdraví. Regionální pracoviště zůstanou zachována.
Služby zdravotních ústavů mají být po reorganizaci standardizovány, tedy stejně kvalitní po celém území.
Při první reorganizaci ústavů vytvořilo ministerstvo zdravotnictví pro administrativně technické činnosti ze 14 zdravotních ústavů sedm celků. Státnímu rozpočtu to uspořilo 600 milionů korun ročně.
Zdravotní ústavy zakotvila novela od ledna 2003. Hygienická služba se tehdy rozdělila na správní úřady, tedy krajské hygienické stanice, a na laboratorní a ostatní kapacity soustředěné do zdravotních ústavů. Zdravotní ústavy dostaly za úkol při státním dozoru například odebírat a vyšetřovat vzorky pitné vody a vody koupališť a testovat výrobky.
Státní zdravotní dozor podle ministerstva nyní zabírá nejvýše pětinu výkonu zdravotních ústavů. Zbývající kapacity nabízejí ústavy na trhu služeb. Z příjmů za diagnostiku, například viru chřipky či viru HIV, kterou platí zdravotní pojišťovny, dotují ostatní činnosti.