Novelu vrátil poslancům Senát, který chce mít ústavy v Ostravě a v Ústí nad Labem, nikoli v Praze, jak chce vláda. Jejím cílem je zrušení neefektivních ústavů a dosažení úspor.
Ministerstvo počítá se zachováním dosavadních regionálních pracovišť ústavů. Centralizací chce dosáhnout jejich ziskovosti, neboť stát je po první fázi reorganizace dotoval asi pěti miliony korun ročně. Dva ústavy prý mají větší šanci uspět ve výběrových řízeních na velké zakázky a vydělat si třeba na lepší laboratorní vybavení.
Ústí nad Labem jako sídlo ústavu místo Prahy navrhla v Senátu Alena Dernerová (Severočeši.cz). Argumentovala tím, že ústav v Ústí je stejně jako pražský v černých číslech a že ústavy by měly být v regionech nejvíce postižených znečištěním. Ministr zdravotnictví Leoš Heger (TOP 09) tehdy podotkl, že umístění sídel ústavů je ryze politické rozhodnutí. Se změnou předlohy ale nesouhlasil.
Novela se týká také hygienické služby. Nynějších 59 pracovišť už nebude v zákoně jmenovitě uvedeno.
Při první reorganizaci ústavů vytvořilo ministerstvo pro administrativně technické činnosti ze 14 zdravotních ústavů sedm celků. Státnímu rozpočtu to uspořilo 600 milionů korun ročně.
Zdravotní ústavy zakotvila novela od ledna 2003. Hygienická služba se tehdy rozdělila na správní úřady, tedy krajské hygienické stanice, a na laboratorní a ostatní kapacity soustředěné do zdravotních ústavů. Zdravotní ústavy dostaly za úkol při státním dozoru například odebírat a vyšetřovat vzorky pitné vody a vody koupališť a testovat výrobky.
Státní zdravotní dozor podle ministerstva nyní zabírá jen nejvýše pětinu výkonu zdravotních ústavů. Zbývající kapacity nabízejí ústavy na trhu služeb. Z příjmů za diagnostiku, například viru chřipky či viru HIV, kterou platí zdravotní pojišťovny, dotují ústavy ostatní činnosti.