V minulosti ho soud nepravomocně zprostil viny, pražský městský soud však případ vrátil k novému projednání.
Podle obžaloby Pečenka zneužil svou pravomoc při podpisu smlouvy s firmou Proton Therapy Centre Czech z roku 2006. Dokument předpokládal uzavření další smlouvy, která by protonovému centru po dobu 15 let garantovala hrazení léčebných výkonů pro 1650 pacientů ročně. Tento postup údajně náležitě neprojednal a dokument hned potvrdil razítkem ministerstva zdravotnictví. Pojišťovně mohla podle žalobců vzniknout miliardová škoda.
Muž obžalobu odmítá, jeho záměrem prý bylo zavést v Česku nejmodernější technologii léčby. Tvrdí, že smlouva by VZP peníze naopak ušetřila.
Pojišťovna a protonové centrum letos v červnu podepsaly smlouvu, podle které nebudou v souvislosti se smlouvou z roku 2006 uplatňovat vůči státu žádné nároky. Mluvčí VZP také dříve uvedl, že pojišťovna uhradí protonovou terapii každému, kdo ji bude potřebovat a bude prokazatelné, že pro něj bude mít ve srovnání s jinými metodami jednoznačný přínos.