Sněmovní verze návrhu zákona počítala s tím, že stát by nahrazoval ztížení společenského uplatnění očkovaného a náklady na péči o něj, jeho zdraví nebo domácnost. Vláda původně navrhovala odškodňovat majetkovou a nemajetkovou újmu. Náhradu za duševní útrapy blízkých nechali zákonodárci beze změn.
Senátní znění novely se podle senátora Lumíra Kantora (za KDU-ČSL) obsahově vrací k původní vládní verzi. Obsahuje podle něho i pojistky, aby institut odškodnění nebyl zneužíván. Ministr zdravotnictví Adam Vojtěch (za ANO) pozměňovací návrh horní komory podpořil.
Odškodnění by podle předlohy bylo vypláceno do půl roku od doručení žádosti, pokud chybu neudělal očkující lékař nebo výrobce vakcíny. Maximální výši náhrady norma nestanoví. Ministerstvo zdravotnictví chce postupovat podle občanského zákoníku a podrobnosti stanovit vyhláškou. Předpokládalo, že celková výše náhrad nepřesáhne 100 milionů korun ročně. Odškodnění by se podle odborníků mohlo týkat méně než deseti případů ročně.
Podmínkou odškodnění bude žádost podaná ministerstvu do tří let od doby, kdy újma vznikla. Kvůli obtížnému prokazování předloha nevyžaduje důkaz příčinné souvislosti. Neúspěšní žadatelé by se mohli obrátit do čtyř let na soudy.
Ve složitých případech bude ministerstvu zdravotnictví pomáhat při posuzování žádostí odborná komise. Vyjadřovat se bude k tomu, zda za újmou na zdraví skutečně stojí povinné očkování, nebo ne. Komise by mohla podle dřívějších informací posuzovat odhadem až několik set případů.
V Česku jsou děti povinně očkovány proti devíti nemocem, včetně nepovinných vakcín je to ročně milion dávek. Povinnost vysvětluje ministerstvo ochranou zdraví celé společnosti. Proti infekci jsou v případě vysoké proočkovanosti chráněni i ti, kteří ze zdravotních důvodů očkováni být nemohou. Roste ale počet rodičů, kteří děti očkovat nenechávají nebo očkování odkládají do vyššího věku, protože je považují za nebezpečné. Závažné nežádoucí účinky ale podle odborníků nejsou prokázány.