V Česku, kde takto ročně onemocní stovky lidí, byla transplantace u dospělého provedena v roce 1986; 28. listopadu 1989 pak lékaři poprvé transplantovali kostní dřeň také dítěti. Transplantační program u dětí zahájili lékaři v pražské Fakultní nemocnici v Motole a u jeho zrodu stál profesor Jan Starý. Historie transplantací kostní dřeně v Česku, resp. v Československu, sahá do 60. let, kdy se o ni pokusili lékaři v Ústřední vojenské nemocnici a také v Ústavu hematologie a krevní transfuze. Zlom nastal s objevením HLA systému.
První transplantaci kostní dřeně s využitím kompatibility v HLA systému provedli v roce 1976 v Hradci Králové. Pražský ÚHKT se do dějin této léčby zapsal v roce 1986 první alogenní transplantací a také první transplantací kostní dřeně od nepříbuzného dárce v Československu v roce 1991. V současné době se transplantace krvetvorné tkáně vedle Prahy, Brna a Plzně provádějí také v Hradci Králové a v Olomouci.