Pacienti z Brna si mohou vybrat z několika velkých nemocnic a množství menších klinik. Mezi nejvýznamnější patří Fakultní nemocnice Brno a Fakultní nemocnice u svaté Anny. Oba zdravotnické kolosy budou mít od února stejného ředitele. Do areálu nemocnice u sv. Anny patří i Mezinárodní centrum klinického výzkumu ICRC za zhruba pět miliard korun. Vědci a lékaři se v něm chtějí věnovat výzkumu a léčbě nemocí, na které lidé umírají nejčastěji.
Nemocnice Milosrdných bratří patří mezi dvě nejstarší souvisle fungující městské nemocnice v zemi. Prochází rekonstrukcí a je v ní babybox pro odložení novorozených dětí. Nyní nemocnice poskytuje každodenně péči pacientům na 232 akutních lůžkách a na 243 lůžkách pro dlouhodobě nemocné a dalším stovkám lidí ambulantně.
Také Vojenská nemocnice je velmi stará, u jejího zrodu stál císař Josef II. Ve spokojenosti pacientů ošetřených ambulantně je na druhé příčce ze všech brněnských nemocnic. Jako pohotovostní slouží pro brněnské obyvatele Úrazová nemocnice. Vzrostl jí tak počet pacientů ošetřených ambulantně o 20 procent a hospitalizovaných o 15 procent.
Nyní plánuje zřídit centrum pro jednodenní chirurgii. Dětem slouží jako pohotovost i při běžných případech Dětská nemocnice, která funguje pod Fakultní nemocnicí Brno.