Éru transplantací srdce zahájil IKEM 16 let po světové premiéře profesora Christiana Barnarda z jihoafrického Kapského Města. Ale už osm měsíců po Barnardovi, v červenci 1968, se jako první v bývalém socialistickém bloku o tuto náročnou operaci pokusili lékaři v Bratislavě pod vedením profesora Karola Šišky. Padesátiletá pacientka však po pěti hodinách zemřela. I první člověk na světě s novým srdcem, Barnardův pacient Louis Washkansky, žil jen krátce (18 dnů).
Úmrtnost v počátcích transplantací byla totiž vysoká a jen asi sedm procent pacientů přežilo déle než rok. Průlom přinesl až v 80. letech lék cyklosporin usnadňující nemocným přijetí cizího orgánu. Dnes přežívá rok po transplantaci srdce víc než 90 procent operovaných a 86 procent lidí s novým srdcem žije déle než deset let od operace.
Pionýrská bratislavská transplantace zůstala jediným pokusem svého druhu v Československu až do ledna 1984. Zásadní měrou k pokroku na tomto poli přispěl přední odborník a tehdejší ředitel IKEM Vladimír Kočandrle, pod jehož vedením tým profesora Pavla Firta (též Jaroslav Hejnal a Rudolf Kramář) operaci v lednu 1984 provedl. Čtyřiačtyřicetiletý technik Josef Divina dostal tehdy srdce muže o devět let mladšího a z nemocnice byl propuštěn již 16. března. Koncem srpna téhož roku se vrátil do práce a žil poté ještě 13 let; zemřel v červnu 1997 na selhání ledvin, způsobené dlouhodobou farmakologickou zátěží organismu.
V počátcích prováděli čeští lékaři zhruba deset transplantací srdce ročně, nyní jich bývá v průměru 45. Nejvíce (65) jich v pražském IKEM zatím provedli v roce 1997, loni to bylo 50. Více srdcí dostali muži - v IKEM za 30 let to bylo na 778 mužů a asi 160 žen; sedmnáct pacientů byly děti. Třetinu transplantací srdce v ČR (ke konci loňského roku 458) provedli v Centru kardiovaskulární a transplantační chirurgie v Brně.
Jedné ženě s transplantovaným srdcem se v ČR také narodilo dítě, a to v červenci 2011 - matce dítěte bylo třicet a nové srdce dostala v IKEM v prosinci 2008. Podle přednosty kardiocentra IKEM profesora Jana Pirka ve světě dosud porodila jen asi stovka žen s transplantovaným srdcem.
IKEM má na svém kontě i další prvenství, například v listopadu 2007 tam provedli první úspěšnou kombinovanou transplantaci srdce a plic v ČR (ve světě se jich ročně dělá jen asi 80). V dubnu 2003 v IKEM jako první v postkomunistické Evropě transplantovali mechanické srdce, jež je přechodnou podporou do transplantace srdce biologického. Jako první na světě v IKEM v dubnu 2012 voperovali pacientovi místo jeho srdce dvě mechanické pumpy (do té doby používali jen jednu místo levé strany srdce). Muž s dvěma pumpami se ale nového biologického srdce nedočkal, zemřel po zhruba 200 dnech na selhání jater.
Také brněnská kardiochirurgie se může pochlubit několika českými prvenstvími - například první kombinovanou transplantaci srdce a ledviny (v roce 1998) či první transplantací tří orgánů (srdce, jater, ledviny) současně, kterou v roce 2005 lékaři pod vedením profesora Jana Černého provedli zřejmě jako první v Evropě.