Na problémy poukázala zpráva Nejvyššího kontrolního úřadu (NKÚ) z července 2013, podle které fakultní nemocnice v Praze, Hradci Králové a Olomouci využívají elektronické aukce a výběrová řízení k nákupu léčiv a léčebných prostředků spíše výjimečně a nákupy často uskutečňují bez písemně uzavřených smluv.
„Na společném zasedání zástupců ministerstev financí a zdravotnictví bylo dohodnuto, že vzhledem k závažnosti otázek, kterými se zabýval nález NKÚ, budou ustanoveny společné expertní týmy složené ze zástupců ministerstva financí a ministerstva zdravotnictví, které se budou těmito body zabývat,“ řekl ČTK mluvčí ministerstva financí Radek Ležatka.
Ministr zdravotnictví Svatopluk Němeček (ČSSD) ČTK řekl, že už při vypořádávání připomínek k nálezu NKÚ se obě ministerstva domluvila na ustavení společného týmu, ve kterém by zástupci Státního ústavu pro kontrolu léčiv vysvětlili pracovníkům ministerstva financí, jak se tvoří ceny léků a podle čeho se o o jejich výši rozhoduje.
„Vzájemné komunikaci se nebráníme, v žádném případě to ale neznamená, že by ministerstvo financí přebíralo pravomoci, které patří ministerstvu zdravotnictví,“ zdůraznil Němeček. Pokud by někdo jednání expertního týmu chápal jako předávání pravomocí, šlo by podle něj o „hluboké nedorozumění“. Vláda návrh opatření k závěrům NKÚ vzala na vědomí 22. prosince a podle Němečka není důvod její usnesení přehodnocovat.
NKÚ se zaměřil mimo jiné na nákupy léků. Při kontrole faktur zjistil cenové rozdíly. Například u antibiotika Augmentin kontroloři prověřili osm variant, cenové rozdíly byly u sedmi. Nejvýraznější rozdíl byl 359,80 kč za balení, cena jednoho balení se pohybovala od 220 do 580 Kč.
Němeček před koncem loňského roku oznámil spuštění projektu centralizovaných nákupů zdravotnického materiálu do státních nemocnic, letos je chce rozšířit i na nákupy speciálního zdravotnického materiálu a některých léků. Při nákupu většího množství dosáhnou nemocnice nižších cen, což přinese úspory a zprůhlední toky peněz, jak požaduje Babiš.
V průběhu loňského roku se dostal Němeček do několika sporů s ministrem financí Andrejem Babišem (ANO). Ten chtěl získat dohled na toky peněz ve zdravotnictví a Němečkovi by zbyla jen kvalita a dostupnost péče. Spory ministrů řešil i prezident Miloš Zeman. Babiš poukazoval na předražené přístroje, v auditech odhalil chyby v užití evropských dotací. Podal proto trestní oznámení kvůli koupi Cyber Knife pro ostravskou nemocnici z doby, kdy ji řídil Němeček.