Kritici se však obávají o ochranu shromažďovaných dat o pacientech, která mají být až postupně anonymizována.
Ministr zdravotnictví Svatopluk Němeček (ČSSD) už dříve namítal, že sbírat větší objem údajů než nyní a systém jejich zabezpečení bude robustní. Nové registry budou pod kontrolou Úřadu pro ochranu osobních údajů a stávající registry a celý systém hlášení do existujícího Národního zdravotnického informačního systému budou na nová pravidla postupně převáděny.
Novela taky zřizuje Národní diabetologický registr a Národní registr intenzivní péče. Do Národního registru hrazených zdravotních služeb budou pojišťovny posílat údaje například o poskytnuté péči, pacientovi i úhradách z veřejného pojištění. Údaje z registrů mají podle ministerstva přispět ke zkvalitnění zdravotní péče a ke zpřesnění stanovování úhrad. Odpadne podle ministerstva taky administrativa, díky registrům bude možné zrušit řadu statistických zjišťování. Novela jasně stanoví, že registry budou spadat pod Ústav zdravotnických informací a statistiky.
Vznikne rovněž nový neveřejný registr zdravotníků. Původní databáze zanikla před třemi lety kvůli nálezu Ústavního soudu. Neveřejností by se mělo vyhovět námitce soudu, který ji zrušil zejména kvůli neoprávněnému zásahu do soukromí zdravotníků. Bez registru je ale podle ministerstva zdravotnictví obtížné sledovat demografický a kapacitní vývoj populace zdravotnických profesionálů, analyzovat dostupnost jejich služeb pro lidi nebo předvídat potřebné vzdělávací kapacity.
Novela se stane účinnou počátkem druhého měsíce následujícího po jejím vyhlášení ve Sbírce zákonů, tedy 1. června.