Dbalý čelí obvinění z přijímání úplatků, porušení povinnosti při správě cizího majetku, sjednání výhody při zadání veřejné zakázky a z porušení předpisů o pravidlech hospodářské soutěže:
25. června 2014 - Protikorupční policie zasahovala na několika místech v Česku kvůli Nemocnici Na Homolce. Policie zadržela a obvinila čtyři lidi ze zmanipulování zakázky na digitalizaci chorobopisů. Podle policie postupovali jako organizovaná skupina a dopustili se praní špinavých peněz a sjednání výhody při zadání veřejné zakázky. Nemocnici způsobili škodu nejméně 57 milionů korun. Obviněni byli mj. bývalý ředitel nemocnice Dbalý a jeho bývalý náměstek, primář chirurgie Michal Toběrný.
27. června 2014 - Soud poslal Dbalého do vazby.
21. července 2014 - Server Lidovky.cz napsal, že v kauze chorobopisů přibyli ke čtyřem původně obviněným další dva. Podle médií převáděli peníze ze zakázky na další účty.
31. července 2014 - Soud zamítl Dbalého stížnost proti vazbě.
2. srpna 2014 - Lidovky.cz uvedly, že Dbalý a Toběrný čelí dalšímu obvinění, a to kvůli zakázce na nákup Leksellova gama nože. Podle serveru si řekli o úplatek ve výši několika procent z ceny 140 milionů korun.
4. srpna 2014 - Vrchní státní zastupitelství v Praze uvedlo, že Dbalý a Toběrný podle policie přijali úplatek 5,7 milionu korun.
26. srpna 2014 - Česká televize uvedla, že ve vazbě skončil další obviněný v kauze chorobopisů, a to bývalý šéf dceřiné firmy nemocnice Holte Medical Petr Kutil. Údajně fyzicky napadl jednoho ze svědků.
15. září 2014 - Podle serveru Lidovky.cz policie obvinila Dbalého manželku Stanislavu z maření výkonu úředního rozhodnutí.
25. září 2014 - Dbalý neuspěl s ústavní stížností proti vazbě.
26. října 2014 - Soud uložil Stanislavě Dbalé roční trest s podmíněným odkladem za výběr 700.000 korun z obstaveného účtu. Server Lidovky.cz napsal, že po zadržení Dbalého našli policisté u jednoho jeho známého kufr s 21 miliony korun v hotovosti, 185.000 eur, 5000 dolarů a zlatem za desítky milionů korun. S přesunem kufru podle serveru Dbalému pomáhala manželka.
15. listopadu 2014 - Podle zprávy ministerstva zdravotnictví pro poslance, kterou ministerstvo vypracovalo na základě výsledků auditu v Nemocnici Na Homolce, nemocnice nehospodárně, neefektivně a neprůkazně utratila 3,4 miliardy korun. Kromě toho téměř 354 milionů korun vydala neoprávněné.
21. ledna 2015 - Nemocnice Na Homolce se rozhodla připojit jako poškozený k obžalobě Dbalého a dalších sedmi lidí, kteří nemocnici podle policie manipulováním zakázek způsobili škodu téměř 62 milionů korun, napsaly Lidové noviny (LN).
24. února 2015 - Policie uvedla, že v kauze digitalizace chorobopisů a nákupu gama nože navrhla obžalovat sedm lidí.
1. dubna 2015 - Policie obvinila šest lidí, kteří podle ní svým jednáním poškodili Nemocnici Na Homolce o víc než 50 milionů korun. Žalobce Zdeněk Matula uvedl, že se to týká veřejných zakázek nemocnice, a to na účetní a medicínsko-právní služby, na právní služby a na poradenské služby. Podle policie si obvinění mezi sebou v souvislosti s tendry předali úplatky v celkové výši přes deset milionů korun. Web Lidovky.cz napsal, že mezi obviněnými jsou účetní Emilie Bialešová, advokát kanceláře MSB Legal David Michal, exporadce ředitele nemocnice Zdeněk Čáp, poradce Josef Kantůrek a znovu i Dbalý.
3. dubna 2015 - Dbalý byl na kauci propuštěn z vazby.
8. dubna 2015 - Státní zástupce obžaloval šest lidí včetně Dbalého pro podezření z manipulace se zakázkami na digitalizaci chorobopisů. Podle žalobce jednali jako organizovaná skupina, čímž nemocnici způsobili škodu za téměř 57 milionů korun. Dva z nich figurovali i při nákupu Leksellova gama nože, kde jsou spolu s další osobou obžalováni za předání úplatku 5,7 milionu korun. Za napadení svědka byl obžalován další člověk.
21. dubna 2015 - Ústavní soud odmítl jako zjevně neopodstatněnou stížnost Dbalého na prodlužování vazby.
11. ledna 2016 - Pražský městský soud začal řešit první větev kauz. Dbalý odmítl obžalobu s tím, že státní zástupce nehorázně a bezostyšně lže. Za účelově lživou označil obžalobu i Toběrný. Obžaloba se opírá mimo jiné o Dbalého deník, Dbalý se snaží prokázat, že nebyl při smyslech, když do něj psal o úplatcích. Soud si vyžádal psychiatrický posudek na Dbalého.