Mezi nejčastějšími nevýhodami s. r. o. bývá často zmiňováno vyšší zdanění při výplatě podílu na zisku, kdy zisk je nejprve zdaněn u společnosti daní z příjmů právnických osob a poté, při výplatě podílu na zisku společníkovi/společníkům, ještě daní z příjmů fyzických osob. Rozdílné jsou i daňové sazby. Sazba daně z příjmů činí pro společnost 19 % – oproti 15 % pro fyzické osoby. Fyzické osoby mají dosud i možnost uplatnění daňových paušálů.
Přes tyto nevýhody, které lze ale do jisté míry zmírnit daňovou optimalizací při provozu s. r. o., máme za to, že výhody, které založení společnosti lékařům přináší, převažují. Konkrétně uvádíme níže argumenty proč poskytovat zdravotní služby prostřednictvím s. r. o.
Snadné disponování
Jde o největší výhodu. Je oceňována v případech, kdy dochází ke smluvnímu převodu praxe, zejména při ukončení činnosti lékaře. Podíly v s. r. o. mohou být snadno převedeny, včetně všech aktiv a pasiv tvořících její majetek, na základě smlouvy o převodu podílu, kdy dochází ke změně společnické struktury ve společnosti. Pokud mezi nabytím a prodejem podílu uplyne doba 5 let, je příjem osvobozen od daně. Při prodeji soukromé praxe podléhá příjem vždy dani z příjmů.
V případě prodeje praxe lékaře fyzické osoby je třeba postupovat formou smlouvy o koupi závodu, která s sebou přináší řadu rizik. Těmito riziky jsou např. ručení prodávajícího lékaře za dluhy závodu nebo možnost věřitelů domáhat se u soudu nečinnosti smlouvy o koupi závodu. Pokud by se věřitel této neúčinnosti domohl, mohl by se (i po několika letech) domáhat uhrazení své pohledávky u lékaře, který praxi prodal (případně u jeho dědiců).
Důsledné oddělení osoby lékaře od společnosti
Existence právnické osoby poskytující zdravotní služby umožňuje za určitých podmínek i uzavírání smluv a poskytování vzájemného plnění mezi touto společností a samotným lékařem. Běžná je např. situace, kdy lékař provozuje soukromou praxi ve vlastním rodinném domě. Zatímco sám se sebou coby podnikatelem (fyzickou osobou) nájemní smlouvu uzavřít nemůže, se společností je tato varianta – opět za splnění některých zákonných předpokladů – možná a legální. S tím nepřímo souvisí např. i možnost, aby s. r. o. měla více služebních vozů. Maximální množství není upraveno, je ale samozřejmě nutné vlastnit služební vozy v takovém počtu, aby bylo obhajitelné, že jsou používány k ekonomické činnosti společnosti.
Vložení soukromé praxe do společnosti
Pokud je s. r. o. zakládána z důvodů snazší převoditelnosti, nejefektivnějším řešením je vložit do zakládané společnosti nikoli jednotlivé hodnoty tvořící dosavadní lékařskou praxi, ale celou tuto praxi (závod) včetně nehmotných věcí. Je pak nezbytné, aby byl vkládaný závod oceněn znalcem. Tento postup však může být výhodný z daňového hlediska, pokud k převodu obchodního podílu ve společnosti dojde ještě před splněním časového testu (5 let), a nevznikne tak nárok na osvobození příjmů z prodeje podílu od daně.
Možnost zapojení i jiných osob než lékařů do činnosti společnosti
Společníkem, jakož i jednatelem s. r. o., která je oprávněna poskytovat zdravotní služby, mohou být i osoby bez lékařského vzdělání. S. r. o. musí pro získání oprávnění k poskytování příslušných zdravotních služeb sice zajistit odborného zástupce, kterým již bude lékař, ten může být nicméně ve vztahu ke společnosti zaměstnancem, přičemž společníky i jednateli mohou být (i pouze) nelékaři. Zapojením těchto osob do společnické struktury lze jednoduše zprostředkovat účast na podnikání a podíl na zisku například manželovi či dětem.
Jednodušší propojení více odborných praxí pod jednou firmou
Založení s. r. o. usnadňuje společné podnikání více lékařů. Pokud chce společně podnikat více lékařů bez založení právnické osoby, mohou využít pouze ustanovení § 2176 a násl. zákona č. 89/2012 Sb., občanský zákoník, a sdružit se za účelem společného podnikání. V takovém případě ale nová, od jednotlivých lékařů odlišná osoba nevzniká a k poskytování zdravotních služeb je oprávněn samostatně každý z lékařů. Jednotliví lékaři mají současně uzavřeny vlastní smlouvy se zdravotními pojišťovnami. Společné podnikání dle § 2176 a násl. občanského zákoníku je tedy: 1) v daném rozsahu služeb vázáno výlučně na osoby jednotlivých lékařů, 2) zákonem upraveno v minimální míře a vše podstatné je nutno sjednat podrobně ve smlouvě, kterou mezi sebou lékaři uzavírají, a 3) obtížně kontrolovatelné ve vztahu k třetím osobám (kdo je oprávněn jednat za ostatní apod.).
Naopak v s. r. o. mohou lékaři podnikat pod jednou firmou a poskytovatelem zdravotních služeb je společnost, která má oprávnění k poskytování zdravotních služeb a se kterou zdravotní pojišťovny uzavírají smlouvy. Personální změny uvnitř společnosti, existuje-li vždy odborný garant po danou odbornost, tak nemají vliv ani na oprávnění k poskytování zdravotních služeb v daném rozsahu ani na existenci smluv s pojišťovnami a pacientům se lze prezentovat jako jeden subjekt (fakturace, ochranná známka, logo, jasná pravidla jednání zapsaná ve veřejném rejstříku).
Omezení podnikatelského rizika
Lékař provozující praxi pod hlavičkou s. r. o. neručí svým majetkem za dluhy společnosti, resp. spolu s ostatními společníky ručí jen do doby, než splní svoji vkladovou povinnost a toto splacení bude zapsáno do obchodního rejstříku. Vzhledem k tomu, že vkladová povinnost byla od 1. 1. 2014 minimalizována na 1 Kč, nebude ručení společníků v praxi připadat do úvahy. Pokud je lékař současně jednatelem společnosti, odpovídá společnosti za škodu způsobenou tím, že při výkonu funkce nejednal s péčí řádného hospodáře. Do doby, než jednatel nahradí společnosti způsobenou škodu, ručí současně věřitelům za dluhy společnosti do výše neuhrazené škody. Nadto ručí jednatel vůči věřitelům společnosti za její závazky již jen v případech, kdy by se společnost dostala do úpadku a jednatel v době, kdy úpadek hrozil, neučinil vše potřebné k jeho odvrácení. Byť je tato úprava komplikovaná, podstatné je, že lékař fyzická osoba nese plně podnikatelské riziko, zatímco v případě podnikání formou s. r. o. nese toto riziko pouze společnost. Společník nebo jednatel pak odpovídají, jen pokud poruší svoje povinnosti.
Exekuce, insolvence
V případě, kdy se lékař, který je společníkem ve společnosti poskytující zdravotní služby, dostane do obtížné životní situace spojené s exekucí či insolvencí, nemůže být exekutorem/insolvenčním správcem postižen majetek společnosti, ale pouze podíl tohoto lékaře ve společnosti (lékař může navíc pro společnost dále pracovat jako její zaměstnanec). Za předpokladu plurality společníků může společnost i poté, co je podíl společníka postižen nařízením exekuce či insolvenčním řízením, nadále existovat a věnovat se svému podnikání. Předmětný podíl bude zpravidla prodán v dražbě či mimo dražbu, přičemž společníci mohou uplatnit předkupní právo a získat jej přednostně. Naopak je-li nařízena exekuce či podán insolvenční návrh na majetek společnosti, nedotýká se to soukromého majetku jednotlivých lékařů.
Smlouvy se zdravotními pojišťovnami
Skutečnost, že jako poskytovatel zdravotních služeb vystupuje společnost, umožňuje změny v personálním obsazení (změny v osobách jednotlivých lékařů) či snazší převod anebo přechod podílu/podílů bez dopadu na již uzavřené smlouvy se zdravotními pojišťovnami. Společnost musí v tomto směru splnit ve vztahu k pojišťovně svou notifikační povinnost dle § 40 odst. 10 písm. b) zákona o veřejném zdravotním pojištění (seznam nositelů výkonů). Nadto ani lékař, který má uzavřenu smlouvu/smlouvy s pojišťovnou/pojišťovnami a který zakládá s. r. o., nemusí znovu podstupovat výběrové řízení pro uzavření nové smlouvy (znějící na společnost) se zdravotní pojišťovnou/pojišťovnami (za předpokladu, že nerozšiřuje rozsah poskytovaných služeb).
Dědění
Podíl ve společnosti je předmětem dědického řízení, přičemž dědicem může být jakákoli fyzická i právnická osoba (i nelékař), která následně může v podnikání pokračovat. V případě podnikání lékaře jako fyzické osoby zaniká úmrtím oprávnění k poskytování zdravotních služeb i smluvní vztahy s pojišťovnami.