Nově vytvořenou funkci nabídl Prymulovi premiér Andrej Babiš (ANO) poté, co náměstek oznámil svůj úmysl odejít z ministerstva zdravotnictví. Část opozice označila pozici za politickou trafiku a za oslabení ministra zdravotnictví.
Jedním z důvodů pro Prymulův odchod z ministerstva bylo to, že nezískal bezpečnostní prověrku. Prymula v té souvislosti dříve řekl, že ministerstvo zavedlo povinné bezpečnostní prověrky pro náměstky kvůli obavám z jeho popularity, což Vojtěch odmítl. Zdůraznil, že povinnost prověrek se zavedla už loni, tedy dlouho před pandemií, a že všichni náměstci kromě Prymuly prověrku získali. Na místo nového náměstka po Prymulovi vypíše výběrové řízení podle služebního zákona.
Po vypuknutí epidemie v Česku Prymula řídil Ústřední krizový štáb, od konce března stál v čele Centrálního řídícího týmu covid-19, který měl na starosti projekt chytré karantény, kapacity nemocnic, laboratoří či testování nakažených. Od 25. května spadá chytrá karanténa pod ministerstvo zdravotnictví.
Prymula je jedenáctým zmocněncem nynější vlády. Kabinet už má zmocněnce například pro jadernou bezpečnost, lidská práva, sport, informační technologie a digitalizaci, pro spolupráci na hraničních vodách nebo řešení vlastnických vztahů v česko-polském pohraničí.