Poskytovatelé zdravotních služeb, k jejichž činnostem patří i pravidelné očkování mají povinnost nahlásit přehled očkování do 31. 1. Clearinovému centru pravidelného očkování, které má od 1. 1. 2012 na starosti sledování distribuovaných, skladovaných, aplikovaných a zlikvidovaných očkovacích látek. Jeho provozováním bylo pověřeno Národní referenční centrum. Kromě klasické listinné formy mohou ke komunikaci s úřadem lékaři využít elektronický formulář (Více na www.nrc.cz/cinnosti/cc).
Poskytovatelé zdravotních služeb Clearingovému centru sdělují informace o dodaných očkovacích látkách za daný půlrok, stav zásob jednotlivých očkovacích látek ke zmíněnému datu a informace o zlikvidovaných očkovacích látkách. Centrum pak zaeviduje všechny zálohové platby, realizované platby, skladové zásoby deponované u poskytovatelů zdravotních služeb a zaeviduje ztráty. Poté přerozdělí skutečné náklady (tedy podíl jednotlivé pojišťovny na úhradě aplikovaných očkovacích látek, a to včetně jejího podílu na případné ztrátě) mezi jednotlivé zdravotní pojišťovny. Centrum má pak zároveň možnost sledovat proočkovanost podle jednotlivých očkovacích látek i regionů.