V psychiatrii jsou vypracovány složité teorie, které se zabývají mechanismem vzniku deprese. Je známo, že deprese souvisí se změnami v množství a funkci neurotransmiterů, látek přenášejících nervové vzruchy. Neurotransmiterů je mnoho, ale pro depresi jsou nejdůležitější serotonin a dopamin. Deprese bývá léčena antidepresivy, což jsou léky cíleně pracující se serotoninem. Léčení je to však pouze v uvozovkách, protože antidepresiva můžeme použít k opravdovému vyléčení deprese jen výjimečně. Jde spíše o překlenutí velmi nepříjemného stadia aktivity tohoto onemocnění.
Detoxikační medicína je schopná depresi zcela eliminovat, protože umí odstranit toxiny z orgánů, které se tohoto onemocnění účastní. Jedním z nejdůležitějších orgánů je tlusté střevo. Ostatně okruh plíce-střevo je v čínské medicíně označován jako nositel depresivní emoce. Střevní nervový systém (plexus Auerbachi a plexus Meissneri) nejen pohání tlusté střevo v peristaltických vlnách, ale také produkuje velký podíl serotoninu (až 70 %) a dalších neurotransmiterů. Proto rozhoduje ve velké míře o naší náladě. Střevo a jeho nervový systém jsou velmi náchylné ke stresu, emocionálním blokádám a poškozujícím emocím vůbec. Svou roli hraje i gluten a některé jiné toxiny (např. kovy a chemické látky), ale patologické emoce jsou v tomto případě naprosto primárním toxinem.
Vlastní projevy deprese vznikají ve špatně fungujícím diencefalonu, který patří do tzv. limbického systému. Diencefalon zahrnuje řadu mozkových struktur, z nichž některé mají rozhodující význam pro naši náladu. Diencefalon je také místo, kde se produkují mozkové endorfiny, tedy hormony dobré nálady a optimismu. Limbickým systémem prochází i dráha centrálního autonomního systému, a proto bývají deprese velice často doprovázeny i vegetativní dystonií a mnoha nepříjemnými pocity, které přinášejí.
Problémem komplikujícím detoxikaci mohou být také genetické změny u některých lidí, zvláště u těch, kteří mají dlouhou depresivní anamnézu nebo rodinnou depresivní anamnézu. V takových případech přichází ke slovu celostní přístup detoxikační medicíny, protože se někdy musíme zabývat detoxikací orgánů, které nemají přímý vztah k depresi. Novým poznatkem je, že poškozujícím toxinem pro nervový systém mohou být i tzv. cizorodé bílkoviny, a to živočišného, rostlinného i mikrobiálního původu.
Deprese, resp. depresivní onemocnění je detoxikací dobře ovlivnitelné, a to nejen symptomaticky, jako je tomu u antidepresiv, ale především kauzálně – detoxikací jsme schopni odstranit poruchy metabolismu neurotransmiterů, jsme schopni odstranit nejen hmotné toxiny, které zasahují do tohoto metabolismu, ale i emocionální toxiny, jež mají i v tomto případě zásadní úlohu.
Depresivní problémy jsou jedny z nejčastějších problémů populace moderního světa. V psychiatrických učebnicích se píše, že utrpení při těžké depresi je tak velké, že nemá obdobu v žádném tělesném utrpení. Z toho je vidět, jak důležitou roli může detoxikační medicína sehrát; v blízké budoucnosti by se detoxikace mohla stát metodou první volby v prevenci a v léčbě tohoto onemocnění.